heatmap（熱圖）

luoyuanquan — Sun, 11 Oct 2015 09:43:16 +0000

　　Heatmap可以用顏色變化來(lái)反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來(lái)。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行物種或樣品間豐度相似性聚類(lèi)，將聚類(lèi)后數(shù)據(jù)表示在heatmap 圖上，可將高豐度和低豐度的物種分塊聚集，通過(guò)顏色梯度及相似程度來(lái)反映多個(gè)樣品在各分類(lèi)水平上群落組成的相似性和差異性。結(jié)果可有彩虹色和黑紅色兩種選擇。
　　軟件及算法：R 語(yǔ)言vegan 包，vegdist 和hclust 進(jìn)行距離計(jì)算和聚類(lèi)分析；距離算法：chao，聚類(lèi)方法：complete。圖中顏色梯度可自定為兩種或兩種以上顏色漸變色。樣品間和物種間聚類(lèi)樹(shù)枝可自定是否畫(huà)出。
參考文獻(xiàn)：
Elie Jami, Adi Israel, et al. Exploring the bovine rumen bacterial community from birth to adulthood. The ISME Journal advance online publication, 21 February 2013; doi:10.1038/ismej.2013.2

例圖：

heatmap（熱圖）

注釋?zhuān)?br /> 　　樣品間聚類(lèi)關(guān)系樹(shù)：進(jìn)化樹(shù)表示在選用成圖數(shù)據(jù)中，樣本與樣本間序列的進(jìn)化關(guān)系（差異關(guān)系）。處于同一分支內(nèi)的樣品序列進(jìn)化關(guān)系相近。
　　物種/OTU?豐度相似性樹(shù)：豐度相似性樹(shù)表示選用成圖的數(shù)據(jù)中樣品與樣品中的OTU?或序列在豐度上的相似程度。豐度最相近的會(huì)分配到同一分支上

heatmap（熱圖），首發(fā)于微基生物。

Heatmap(熱圖)

microlinker — Wed, 27 Aug 2014 06:01:54 +0000

　　Heatmap(熱圖)可以用顏色變化來(lái)反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來(lái)。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)，將聚類(lèi)后的數(shù)據(jù)表示在heatmap 圖上，通過(guò)顏色的梯度及相似程度來(lái)反映數(shù)據(jù)的相似性和差異性。如在屬水平上對(duì)樣品和OTU 類(lèi)型（樣品所含菌屬）進(jìn)行聚類(lèi)（依據(jù)是不同樣品中各OTU 所含序列數(shù)越相近，即所含菌屬數(shù)量越相近，樣品間相似性越高），對(duì)聚類(lèi)后各樣品中不同OTU（不同菌屬）所含序列的豐度作heatmap 圖，能夠反映出在菌屬水平上各樣品菌落結(jié)構(gòu)的相似性和差異性。
　　將指定種屬水平上的分類(lèi)信息分別按照樣品和分類(lèi)進(jìn)行聚類(lèi)后作出Heatmap 圖，能夠反映出所有樣品在各分類(lèi)水平上表現(xiàn)的相似性或者差異性。

Heatmap(熱圖)，首發(fā)于微基生物。

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heatmap（熱圖）

Heatmap(熱圖)