2、什么是Reads、Run、Barcode？
答：Reads: 高通量測序平臺產生的序列標簽就稱為reads。
Run：指高通量測序平臺單次上機測序反應。
Barcode：與Index同義，多指在Roche GS FLX 454測序平臺的16S PCR產物的測序過程中接頭序列所包含的的用來區(qū)分不同樣本的序列。
3、什么是高通量測序（NGS）？
答：高通量測序技術是對傳統(tǒng)Sanger測序革命性的改變, 一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定, 因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing，NGS )足見其劃時代的改變, 同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能, 所以又被稱為深度測序(Deep sequencing)。
4、高通量測序平臺和DGGE分析環(huán)境微生物多樣性，它們之間的區(qū)別？
答：一般認為土壤、海洋、腸道等生態(tài)系統(tǒng)中的微生物數量繁多、種類多樣。傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法只限于對環(huán)境樣品中極少部分（0.1%-1%）可培養(yǎng)的微生物類群的研究。 DGGE技術操作復雜、成本高、痕量菌發(fā)現困難，在其實驗結果中往往只含有數十條條帶，只能反映出樣品中的優(yōu)勢種群，也無法得到細菌種類的絕對數量。而高通量測序技術能同時對樣品中的優(yōu)勢種群及微量的劣勢種群進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進行數字化，而且每個樣品的測序量達到普通測序的幾百倍，而單條序列的測序費用遠低于普通測序。
5、Misq平臺和羅氏454平臺之間的區(qū)別在于？
答：羅氏454高通量測序技術能同時對樣品中的優(yōu)勢物種、稀有物種及一些未知的物種進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進行數字化。測序費用比較高，后期數據分析比較麻煩。MiSeq高通量測序平臺集中了Roche 454和Illumina HiSeq 2500的優(yōu)點，不僅可實現對多樣品的多個可變區(qū)同時測序，而且在測序速度和測序通量上都有進一步提升，而且測序費用相對于羅氏454便宜很多，后繼分析沒有那么麻煩。
6、做高通量平臺分析整個實驗周期是多少天？
答：根據不同客戶的要求，實驗周期也不盡相同。我們在接到客戶提供的樣品后，即刻進行實驗，至全部實驗及數據分析結束，一般控制在40個工作日內完成。
7、需要多少測序量？
答：由于不同環(huán)境樣品的物種成分、豐度都各不相同，所需的測序量也不一樣。我們會根據合作伙伴樣品的具體情況及研究目的，進行測序深度數據庫檢索，給合作伙伴提供合理建議。
8、測序條數？
答：我們保證單個樣本測序條數高于1.8萬條/樣本，樣本平均測序條數高于3萬條/樣本。同時可以按照客戶需求增加測序條數。
9、實驗結果含那些數據？
a. 匯總統(tǒng)計全部的測序結果。
b. 將全部序列進行比對，進行聚類/OTU劃分， 列出每個OTU的代表序列。
c. 種屬鑒定，與SILVA數據庫進行比對，判斷每類OTU詳細的分類信息。
d. 熱圖分析
e. PCA分析
f. 根據測序序列與標準菌株序列，建立系統(tǒng)發(fā)育樹分析。
h. VENN 圖
i. RDA 分析?
PCR-DGGE相關問題
1、什么是DGGE？
答：DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 即變性梯度凝膠，是利用DNA在不同濃度的變性劑中解鏈行為的不同而導致電泳遷移率發(fā)生變化，從而將片段大小相同而堿基組成不同的DNA片段分開。
2.DGGE應用領域
答：DGGE作為一種成熟的分子生物學技術被廣泛應用于生物學、醫(yī)學等領域。
3、是否可以參與實驗？
答：公司原則上不允許參與實驗的，可以參觀實驗室。
4、一板DGGE膠的樣品量？
答：DGGE膠板一般是16個孔，但是由于電泳過程中，膠兩側的電流會影響兩邊的電泳效果，導致條帶扭曲。為了保證后記實驗分析的準確性，建議在12個樣品以內。
5、樣品能否返還？
答：根據客戶的需求，如果需要返還，由公司工作人員聯(lián)系客戶后寄送。如果不需要返還，我們會在實驗完成后60天后將樣品進行銷毀處理。
6、實驗周期？
答：根據不同客戶的要求，實驗周期也不盡相同。我們在接到客戶提供的樣品后，即刻進行實驗，至全部實驗及數據分析結束，一般控制在40個工作日內完成。
7、DGGE分析原核微生物多樣性，主要分析哪些區(qū)域？選擇區(qū)域的依據是什么?
答：公司針對原核微生物的9個高變區(qū)域都進行過多樣性分析，目前客戶做的最多的還是V1-V3區(qū)域。我們可以根據客戶的要求，選擇相應的擴增區(qū)域。
8、真核微生物多樣性分析，主要做哪些區(qū)域？
答：真核生物主要是做V1-V3區(qū)域。真菌可以針對ITS1、ITS2進行分析。
9、克隆轉化能保證多少個有效的測序結果？
答：根據客戶的要求，每個條帶可以提供3個有效序列。
10、DGGE分析微生物群落要做平行樣嗎?
答：DGGE分析環(huán)境微生物多樣性，一般不需要做平行樣。
11、如何保證實驗數據的準確性？
答：我們在每一步實驗操作過程中都會防止各個樣品之間出現交叉污染的情況，從基因組DNA提取到最后的克隆轉化，我們都嚴格把關，確保每個數據的準確性和真實性。
12、如果實驗數據和預期不符，如何解決？
答：如果出現該種情況，我們會綜合考慮多種因素，具體解決方案由雙方協(xié)商解決。
常規(guī)樣本寄送及保存
1、基因組DNA：樣品濃度不低于50 ng/ul，總體積不少于20 ul。對于未抽提的基因組DNA，樣本量不低于2g.(如土壤、糞便、動物組織、腸道內容物等)
2、水樣：2L以上水過濾后的濾膜，若環(huán)境中微生物豐富，可適當減少水的體積。
3、分泌物：2-3 mL（唾液、鼻涕、汗液、淚水等）
4、非致病性：如果您的菌體帶有致病性，請您提供加熱處理后的基因組DNA。我們不接受有致病性的樣品。
5、寄送溫度：推薦干冰低溫運輸。
6、請盡量避免樣本送達時間在節(jié)假日，以確保您的樣本能及時送達。
7、特殊樣本或珍貴樣本請?zhí)崆奥?lián)系我公司，經我公司允許后寄送。