微基生物全新推出Olink蛋白組學(xué)檢測(cè)服務(wù)，依托Olink PEA（鄰位延伸分析）技術(shù)平臺(tái)，基于Reveal 1034靶點(diǎn)全景蛋白組檢測(cè)與Target 96炎癥panel檢測(cè)兩大核心產(chǎn)品，為科研工作者提供高靈敏度、高特異性、高通量的蛋白質(zhì)檢測(cè)一體化解決方案。
一、技術(shù)原理：鄰近延伸分析技術(shù)（Proximity Extension Assay，PEA）
鄰位延伸分析(Proximity Extension Assay,PEA)技術(shù),通過雙抗體識(shí)別機(jī)制將特異性蛋自信號(hào)轉(zhuǎn)化為可指數(shù)級(jí)擴(kuò)增的DNA信號(hào)，實(shí)現(xiàn)了超高靈敏度與特異性的多重蛋白檢測(cè)。從根本上解決了傳統(tǒng)多重蛋白檢測(cè)中的交叉反應(yīng)和背景噪音問題。
二、Olink蛋白組學(xué)檢測(cè)服務(wù)
（一）Olink Reveal 1034靶點(diǎn)全景蛋白組檢測(cè)
1.覆蓋1034種核心蛋白，僅需4μL樣本即可完成檢測(cè)
2.四層質(zhì)控體系確保數(shù)據(jù)可信
實(shí)驗(yàn)階段：在孵育/延伸/擴(kuò)增內(nèi)參每個(gè)檢測(cè)孔內(nèi)都包含3種獨(dú)立的內(nèi)參，實(shí)時(shí)監(jiān)控免疫反應(yīng)、延伸/文庫(kù)擴(kuò)增和信號(hào)檢測(cè)這三個(gè)關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)步驟的完整性。
樣本質(zhì)控：使用混合血樣作為質(zhì)控樣本，用于評(píng)估同一批次內(nèi)（intra-batch）和不同批次間（inter-batch）的檢測(cè)差異。
(二) Olink Target 96炎癥靶向蛋白檢測(cè)
精選92種炎癥核心蛋白，僅需1μL樣本即可完成檢測(cè)
(三) Olink蛋白組+微生物組聯(lián)合檢測(cè)解決方案
Olink蛋白質(zhì)組學(xué)：1034種核心蛋白質(zhì)，92種炎癥核心蛋白檢測(cè)；
微生物組：16S rDNA測(cè)序/宏基因組測(cè)序，全面解析微生物群落構(gòu)成；
專業(yè)分析平臺(tái)：整合多組學(xué)數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)蛋白組與微生物組數(shù)據(jù)的聯(lián)合關(guān)聯(lián)分析。
助力多種疾病探索:內(nèi)圈的數(shù)字代表使用該技術(shù)識(shí)別，并與英國(guó)生物樣本庫(kù)(UKBiobank)數(shù)據(jù)比對(duì)后已證實(shí)的疾病數(shù)量;外圈則代表了其更廣泛的疾病研究潛力。
微基生物將以專業(yè)的技術(shù)、高效的服務(wù)、可靠的質(zhì)量，助力科研人員在蛋白組學(xué)與微生物組學(xué)交叉領(lǐng)域取得突破性進(jìn)展。無(wú)論是獨(dú)立的蛋白檢測(cè)需求，還是聯(lián)合組學(xué)的深度探究，我們都能提供精準(zhǔn)匹配的解決方案，讓科研創(chuàng)新更簡(jiǎn)單、更高效！
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微基生物推出：腫瘤微生物檢測(cè)整體方案及個(gè)性化設(shè)計(jì)服務(wù)，首發(fā)于微基生物。
]]>腫瘤微生物組學(xué)（Tumor Microbiome Studies）是研究腫瘤微環(huán)境中微生物群落的科學(xué)，它聚焦于研究存在于腫瘤組織微環(huán)境中的微生物群落，包括細(xì)菌、真菌、病毒以及可能的其他微生物實(shí)體。這些微生物與宿主細(xì)胞之間的相互作用可能對(duì)腫瘤的發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移乃至對(duì)治療的響應(yīng)產(chǎn)生重要影響。
腫瘤微生物組學(xué)作為腫瘤研究的新領(lǐng)域，為我們理解腫瘤的復(fù)雜性提供了新的視角，并有潛力為癌癥的預(yù)防、診斷和治療帶來(lái)革新性的變化。隨著研究的深入，我們期待這一領(lǐng)域能夠揭示更多關(guān)于腫瘤與微生物之間相互作用的奧秘，并為癌癥治療提供新的策略。
細(xì)菌與腫瘤的關(guān)系示意圖
二 腫瘤微生物檢測(cè)方法
2.1 16S擴(kuò)增子測(cè)序
通過16S rRNA基因的特定區(qū)域（如V3-V4區(qū)）進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后進(jìn)行高通量測(cè)序，以鑒定樣本中的微生物種類。能夠揭示腫瘤組織中微生物的多樣性、相對(duì)豐度和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。
16S擴(kuò)增子測(cè)序是鑒定細(xì)菌和古菌群落結(jié)構(gòu)的常用方法，但通常分辨率限于屬水平，且難以區(qū)分新物種。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qPCR）技術(shù)是一種高度靈敏和特異的分子生物學(xué)檢測(cè)手段，它通過實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)PCR擴(kuò)增過程中產(chǎn)生的熒光信號(hào)來(lái)定量分析DNA或RNA分子。
在腫瘤微生物qPCR檢測(cè)中，該技術(shù)被用來(lái)定量分析腫瘤組織或相關(guān)樣本中的微生物核酸，從而揭示微生物群落的組成和豐度，這對(duì)于理解腫瘤微環(huán)境中微生物的作用及其與腫瘤發(fā)展的關(guān)系具有重要意義。
qPCR檢測(cè)方法的優(yōu)勢(shì)：
? 高靈敏度和特異性：qPCR技術(shù)利用特異性引物和熒光標(biāo)記的探針，能夠檢測(cè)到極少量的核酸模板，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)微生物含量的精確測(cè)定。
? 快速性：qPCR實(shí)驗(yàn)通常在幾小時(shí)內(nèi)完成，從核酸提取到結(jié)果分析，大大縮短了檢測(cè)時(shí)間。
? 可重復(fù)性和標(biāo)準(zhǔn)化：實(shí)驗(yàn)操作流程標(biāo)準(zhǔn)化，結(jié)果易于復(fù)制，便于不同實(shí)驗(yàn)室之間的結(jié)果比較。
? 定量能力：qPCR能夠提供定量結(jié)果，不僅可以檢測(cè)微生物是否存在，還可以測(cè)定其相對(duì)或絕對(duì)數(shù)量。
? 多樣本并行檢測(cè)：96孔或384孔的qPCR板可以同時(shí)檢測(cè)多個(gè)樣本，提高實(shí)驗(yàn)效率。
微基生物可以根據(jù)客戶的目標(biāo)和要求，設(shè)計(jì)針對(duì)目標(biāo)菌株的特異性引物和探針，有效促進(jìn)目標(biāo)菌株的檢測(cè)、篩選和鑒定。
2.3 腫瘤微生物ddPCR定量檢測(cè)
腫瘤微生物的微滴式數(shù)字PCR（ddPCR）定量檢測(cè)是一種高靈敏度和高準(zhǔn)確度的核酸分子檢測(cè)技術(shù)，它可以對(duì)腫瘤組織或體液中的微生物DNA進(jìn)行絕對(duì)定量分析。而且較好的克服了腫瘤組織包埋標(biāo)本DNA質(zhì)量差、標(biāo)本量有限等問題，目前已經(jīng)被應(yīng)用于多個(gè)研究領(lǐng)域，有望成為惡性腫瘤的診斷和監(jiān)測(cè)的可靠工具。
ddPCR檢測(cè)方法的優(yōu)勢(shì)：
? 高靈敏度和準(zhǔn)確性：ddPCR能夠檢測(cè)到低至0.001%豐度的突變靶標(biāo)，適合痕量微生物DNA的檢測(cè)。
? 絕對(duì)定量：ddPCR不需要標(biāo)準(zhǔn)曲線，可以直接計(jì)算出目標(biāo)DNA的拷貝數(shù)。
? 抗抑制劑能力：對(duì)PCR反應(yīng)中的抑制劑具有較高的耐受性，適合直接從臨床樣本中進(jìn)行檢測(cè)。
? 無(wú)需依賴Ct值：與qPCR不同，ddPCR不依賴于Ct值，因此不受擴(kuò)增效率的影響。
? 適合多重檢測(cè)：可以同時(shí)檢測(cè)多個(gè)靶標(biāo)，提高實(shí)驗(yàn)效率。
微基生物提供ddPCR引物、探針設(shè)計(jì)、優(yōu)化及檢測(cè)服務(wù)，對(duì)微生物特異性種屬精確定量。
2.4 種或?qū)俜诸惣?jí)別特異性的細(xì)菌16S FISH雜交檢測(cè)
腫瘤微生物種或?qū)俜诸惣?jí)別特異性的細(xì)菌16S 熒光原位（fluorescence in situ hybridization，F(xiàn)ISH）雜交檢測(cè)是一種利用熒光標(biāo)記的核酸探針針對(duì)腫瘤組織中微生物的16S rRNA基因序列進(jìn)行特異性結(jié)合的分子生物學(xué)技術(shù)。這種技術(shù)可以對(duì)腫瘤組織中的微生物進(jìn)行定性、定位和半定量分析，提供關(guān)于微生物種類、空間分布以及與宿主相互作用的詳細(xì)信息。
16S FISH雜交檢測(cè)的優(yōu)勢(shì)：
? 細(xì)胞定位能力：能夠直接在組織切片中觀察微生物的分布情況。
? 高特異性：利用特異性探針可以區(qū)分不同的微生物種類或?qū)佟?/span>
? 直觀性：熒光顯微鏡下的直觀圖像便于分析和解釋結(jié)果。
? 多標(biāo)定量：可以同時(shí)使用多個(gè)探針，對(duì)多種微生物進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)。
實(shí)驗(yàn)過程:
探針變性、標(biāo)本變性、雜交、洗脫、雜交信號(hào)放大(生物素標(biāo)記的探針)、復(fù)染、封片、熒光顯微鏡觀察FISH結(jié)果。
EUB338探針檢測(cè)小鼠腸道中的所有細(xì)菌
微基生物提供微生物種屬特異性16S FISH探針設(shè)計(jì)及檢測(cè)服務(wù)，對(duì)種屬特異性16S FISH探針系統(tǒng)性評(píng)測(cè)，確保其高特異性及通用性。
2.5 腫瘤組織中微生物的分離培養(yǎng)
培養(yǎng)組學(xué)（Culturomics）是一種綜合方法，使用多種培養(yǎng)條件在不同培養(yǎng)基上培養(yǎng)細(xì)菌菌落，然后使用16S rDNA測(cè)序或MALDI-TOF質(zhì)譜平臺(tái)對(duì)其進(jìn)行鑒定，是了解特定菌或菌群在宿主中作用的關(guān)鍵?？梢暂^大程度的發(fā)現(xiàn)潛在的新菌株和微生物，豐富現(xiàn)有的可培養(yǎng)微生物資源庫(kù)。
利用培養(yǎng)組學(xué)（多達(dá)48或96種條件）將原始樣本中可培養(yǎng)微生物大大富集并進(jìn)行微生物組學(xué)的檢測(cè)，使原始樣本中可檢測(cè)的微生物類型大為豐富。為此后的微生物的培養(yǎng)分離驗(yàn)證了條件。
使用需氧/厭氧活菌保存液保存樣本，微生物的種類更豐富，多樣性更顯著。
培養(yǎng)方法的優(yōu)勢(shì)
? 直接性：直接從腫瘤組織中分離微生物，避免了因樣本處理導(dǎo)致微生物DNA污染的問題。
? 可重復(fù)性：培養(yǎng)條件標(biāo)準(zhǔn)化，實(shí)驗(yàn)結(jié)果可重復(fù)性強(qiáng)。
? 多樣性分析：可以分析腫瘤組織中微生物的多樣性和豐度。
? 功能研究：分離的微生物可以用于后續(xù)的功能研究，如藥物敏感性測(cè)試和致病機(jī)制研究。
微基生物分離培養(yǎng)檢測(cè)示意圖
這些技術(shù)方法各有優(yōu)勢(shì)和局限性，通常結(jié)合使用以獲得更全面的腫瘤微生物組信息。例如，16S擴(kuò)增子測(cè)序可以提供微生物多樣性的概覽，而qPCR或ddPCR可以提供特定微生物的定量信息。FISH技術(shù)有助于理解微生物的空間分布，而培養(yǎng)分離則可以深入研究微生物的生物學(xué)特性。通過這些方法的綜合應(yīng)用，研究人員能夠更好地理解腫瘤微生物組的組成、功能以及它們與腫瘤發(fā)展和治療之間的相互作用。
三 樣本類型
在多種實(shí)體腫瘤中檢測(cè)到微生物群，包括肝臟、膀胱、腎臟、前列腺、胰腺、腦、食管癌、結(jié)腸癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、口腔癌和婦科癌。腫瘤內(nèi)微生物群已被證實(shí)與腫瘤發(fā)生、腫瘤進(jìn)展和耐藥有關(guān)。
目前腫瘤微生物檢測(cè)常用樣本主要包括福爾馬林固定石蠟包埋組織(formalin－fixed paraffin－embedding, FFPE)樣本(包括手術(shù)切除和活檢組織樣本)和體液樣本(包括外周血、腦脊液、漿膜腔積液上清液、唾液和尿液等)，應(yīng)依據(jù)臨床需求、樣本可及性及不同的檢測(cè)平臺(tái)性能選擇合適的樣本。
每種樣本類型都有其特定的優(yōu)勢(shì)和局限性，選擇合適的樣本類型和檢測(cè)方法對(duì)于準(zhǔn)確評(píng)估腫瘤微生物組至關(guān)重要。具體樣本詳情請(qǐng)進(jìn)一步咨詢：021-50763698。
四 不同類型樣本保存套裝
實(shí)體腫瘤微生物樣本種類繁多，可根據(jù)具體腫瘤樣本的類型及選擇的腫瘤微生物的檢測(cè)平臺(tái)選擇合適的取樣方式、取樣量、保存方式等。
5.1 肝細(xì)胞癌的腫瘤微生物組特征： 16s+FISH+分離培養(yǎng)+qPCR
我們使用16S rRNA基因測(cè)序156個(gè)肝臟樣本，分析了人類正常肝臟、腫瘤周圍和肝細(xì)胞癌（Hepatocellular Carcinoma, HCC）組織的微生物譜，并確定了可能用于HCC診斷的特定微生物特征。我們還利用熒光原位雜交(FISH)和新鮮組織培養(yǎng)方法驗(yàn)證了HCC中腫瘤內(nèi)微生物的存在。
5.1.1采用的檢測(cè)方法
? 細(xì)菌16S rRNA基因全面DNA測(cè)序，發(fā)現(xiàn)腫瘤周圍和HCC微生物群的α和β多樣性均有所增加。
? 熒光原位雜交（FISH）顯示，微生物DNA分布在肝細(xì)胞和紅細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中。
? 通過新鮮組織培養(yǎng)在HCC組織中恢復(fù)了有活力的厭氧或好氧細(xì)菌。
? 采用獨(dú)立隊(duì)列(qPCR_cohort)對(duì)12份組織樣本進(jìn)行定量PCR驗(yàn)證。
5.1.2部分樣本情況
FISH檢測(cè)樣本類型：手術(shù)過程中收集新鮮組織，制備石蠟切片，蘇木精-伊紅(H&E)染色，小心避免污染。新鮮組織被儲(chǔ)存在無(wú)菌管中，在與患者身體分離后立即在冰上冷卻。所有后續(xù)步驟均在冰上進(jìn)行。
分離培養(yǎng)樣本類型：將新鮮的腫瘤組織和腫瘤周圍組織浸泡在無(wú)菌培養(yǎng)皿中的生理鹽水中。
5.1.3結(jié)果展示
正常肝臟、腫瘤周圍和HCC樣本的16S rRNA基因測(cè)序。
168個(gè)正常、腫瘤組織和HCC組織的16S rDNA測(cè)序
作者通過16S rDNA測(cè)序分析肝癌組織微生物群的結(jié)構(gòu)和豐度，檢測(cè)了68對(duì)HCC和癌旁組織配對(duì)樣本、29例正常肝組織和3例獨(dú)立的肝癌組織。與正常肝組織相比，HCC中微生物群的α多樣性顯著增加，癌旁組織富集有變形菌門（Proteobacteria）、厚壁菌門（Firmicutes）和放線菌門（Actinobacteriota），而正常組織中副桿菌（Patescibacteria）和酸桿菌門（Acidobacteriota）豐度更高（圖4A-D）；而HCC組織中顯示出更高的Proteobacteria、Firmicutes和Actinobacteriota，而Patescibacteria和Acidobacteriota的豐度較低（圖4E-F）。以上結(jié)果表明，與對(duì)照組相比HCC組織和癌旁組織具有相似的微生物特征，但是分析其他菌群發(fā)現(xiàn)變形菌（Gammaproteobacteria）在HCC組織顯著富集而不在癌旁組織中顯著富集。為了驗(yàn)證這一結(jié)果，作者通過qPCR對(duì)Gammaproteobacteria進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)與測(cè)序結(jié)果一致，癌組織中的Gammaproteobacteria豐度顯著高于正常組織（圖4I-J）。LEfSe結(jié)果證實(shí)，與健康對(duì)照相比HCC組織Proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteriota增加，而Acidobacteriota、分歧桿菌（Parcubacteria）、酸桿菌（Acidobacteriae）減少（圖5C-D）；
正常、腫瘤周圍和 HCC 組織中的腫瘤內(nèi)微生物概況。（截取部分）
A.餅圖顯示了基于OTU的所有肝臟微生物群中每個(gè)門的比例。B.在NM，Pt和HccM的門和類水平的分類組成的條形圖。
C和D.在門或類別水平上的豐度在正常微生物群和腫瘤周圍微生物群之間有顯著差異。
LEfSe分析揭示組織樣本中的特定類群
A.支序圖顯示正常(N)組織和腫瘤周圍(P)組織之間具有顯著差異豐度的分類樹。B.顯示正常人和腫瘤周圍受試者之間細(xì)菌分類群的線性判別分析的直方圖。C.支序圖顯示正常(N)組織和HCC(T)組織之間分類樹具有顯著差異的豐度。D.顯示正常(N)和HCC受試者(T)之間具有顯著差異豐度的細(xì)菌分類群的LDA評(píng)分。
肝癌的FISH分析 HCC組織的微生物的DNA富集于肝細(xì)胞和紅細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中
A.將福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)肝癌切片脫石蠟，再水合。B.這兩種探針最近都被用于分析人類癌癥組織的腫瘤內(nèi)微生物群。C.細(xì)胞核用二脒基苯基吲哚(DAPI)復(fù)染。單模染色圖像。D.染色陰性。E.不同染色的合并圖像。黃色箭頭表示擁擠區(qū)域的紅細(xì)胞聚集。箭頭表示擁擠區(qū)域外的紅細(xì)胞。F.蘇木精-伊紅連續(xù)組織切片染色。
為評(píng)估HCC中微生物DNA的分布和豐度，作者使用16S rRNA探針對(duì)癌組織及癌旁組織進(jìn)行FISH實(shí)現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)FISH信號(hào)分布于癌組織和癌旁組織，主要存在細(xì)胞質(zhì)中；在癌旁組織中作者發(fā)現(xiàn)在釋放最強(qiáng)信號(hào)的幾個(gè)擴(kuò)大的竇狀區(qū)無(wú)核紅細(xì)胞（RBC）中富集了FISH信號(hào)（紅細(xì)胞在肝竇內(nèi)的堆積表明受損肝組織嚴(yán)重充血）。
新鮮組織培養(yǎng) HCC組織中存在活菌和感染性細(xì)菌
為研究HCC組織是否存在活菌，作者收集術(shù)后新鮮HCC組織通過組培法檢測(cè)活菌的情況，作者通過設(shè)置陽(yáng)性對(duì)照和陰性對(duì)照分別在好氧與厭氧環(huán)境中進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)陽(yáng)性對(duì)照中環(huán)境樣本在好氧培養(yǎng)下產(chǎn)生了數(shù)千個(gè)菌落，而厭氧培養(yǎng)產(chǎn)生了30+可見菌群，陰性對(duì)照沒有產(chǎn)生可見菌，表明組培法的可靠性是比較高的。作者通過對(duì)培養(yǎng)出來(lái)的菌群進(jìn)行菌落PCR和16S rDNA測(cè)序，共鑒定出13個(gè)菌落，其中2個(gè)菌落為金黃葡萄球菌（Staphylococcus aureus）、8個(gè)菌落為羅氏菌屬（Rothia）兼性厭氧菌，2個(gè)菌落為芽胞桿菌（Bacillaceae）的好氧菌，1個(gè)是屬于棒狀桿菌（Corynebacterium sp.）的嗜氧微細(xì)菌。以上結(jié)果表明HCC組織中含有活的瘤內(nèi)細(xì)菌。
qPCR 采用獨(dú)立隊(duì)列(qPCR_cohort)對(duì)12份組織樣本進(jìn)行定量PCR驗(yàn)證
為了驗(yàn)證16SrRNA測(cè)序的結(jié)果，我們使用來(lái)自16S_rRNA隊(duì)列和包含12 個(gè)樣本的獨(dú)立隊(duì)列（qPCR_cohort）的樣本對(duì)Gammaproteobacteria進(jìn)行qPCR分析。與16SrRNA基因測(cè)序的結(jié)果一致，癌組織中的Gammaproteobacteria豐度顯著更高（Student’st檢驗(yàn)，16S_rRNA隊(duì)列中P= 0.033，qPCR_隊(duì)列中P= 0.0005）高于正常樣本。
qpcr_隊(duì)列包含6例HCC癌和6例癌周標(biāo)本，分別來(lái)自臨床手術(shù)中7例男性和3例女性患者。
本文介紹了微生物群與HCC的關(guān)系，并探討了與HCC進(jìn)展相關(guān)的腫瘤內(nèi)微生物群，發(fā)現(xiàn)HCC微生物群多樣性增加。其中，鏈球菌科和乳球菌被認(rèn)為是HCC肝硬化的標(biāo)志。
5.2 腫瘤胞內(nèi)菌促進(jìn)乳腺癌的轉(zhuǎn)移定植 16s+qPCR+FISH
該研究利用小鼠自發(fā)乳腺癌模型，通過qPCR和16S測(cè)序，發(fā)現(xiàn)腫瘤組織相對(duì)于環(huán)境對(duì)照和陰性對(duì)照有大量的微生物存在，并且腫瘤組織和正常組織的細(xì)菌來(lái)源類似，但是從“屬”的水平來(lái)看，腫瘤組織有特定的微生物分布特征。這項(xiàng)研究揭示了腫瘤微生物群落在乳腺癌轉(zhuǎn)移中的潛在作用，并為開發(fā)新的癌癥治療策略提供了科學(xué)依據(jù)。
5.2.1方案設(shè)計(jì)流程
5.2.2采集類型
新鮮的正常乳腺組織、乳腺腫瘤組織和淋巴轉(zhuǎn)移組織立即用無(wú)菌DMEM培養(yǎng)基轉(zhuǎn)移到15ml的無(wú)菌錐形管中。樣品在干凈無(wú)菌的細(xì)胞培養(yǎng)罩中用高壓滅菌的解剖工具進(jìn)行處理。腫瘤組織切成1mm小塊。
5.2.3結(jié)果展示
qPCR絕對(duì)定量及細(xì)菌培養(yǎng) 乳腺癌組織中存在活的胞內(nèi)菌
組織與自發(fā)乳腺癌（BT）模型小鼠腫瘤組織菌群的qPCR絕對(duì)定量及細(xì)菌培養(yǎng)分析
本研究在小鼠自發(fā)乳腺癌（BT）模型中構(gòu)建了嚴(yán)格的腫瘤菌群研究體系。實(shí)驗(yàn)設(shè)置了4個(gè)分組：負(fù)對(duì)照（NTC）、環(huán)境背景對(duì)照（EBC）、小鼠正常乳腺細(xì)胞、小鼠乳腺腫瘤細(xì)胞。通過經(jīng)過優(yōu)化的Taqman qPCR檢測(cè)（16S rDNA V9區(qū)），發(fā)現(xiàn)雖然正常乳腺細(xì)胞也含有一些胞內(nèi)菌，但是乳腺癌組織的胞內(nèi)菌的豐度有近10倍的顯著增加。隨著腫瘤體積的增大，細(xì)菌密度相對(duì)保持不變。通過平板培養(yǎng)，進(jìn)一步確定了證明這些胞內(nèi)菌是活菌，并且在乳腺癌組織中的細(xì)菌載量要顯著多于正常組織。
16S擴(kuò)增子測(cè)序 不同分組中胞內(nèi)菌的多樣性不同
胞內(nèi)菌多樣性分析
實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步通過16S擴(kuò)增子測(cè)序來(lái)檢測(cè)組織胞內(nèi)菌的組成。由于組織的胞內(nèi)菌生物量非常低，因此本研究?jī)?yōu)化了16S文庫(kù)構(gòu)建程序，包括對(duì)16S rDNA V4區(qū)進(jìn)行檢測(cè)，以及增加生物素富集步驟以減少非特異性基因組序列。最終獲得了比常規(guī)腸道微生物檢測(cè)方法靈敏度高得多的104當(dāng)量細(xì)菌/g組織的可靠結(jié)果。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，對(duì)照組（NTC和EBC）、正常乳腺組織和BT組織中在門和屬水平具有不同的微生物群落組成。PCA結(jié)果也具有顯著差異。陰性對(duì)照樣品中的大多數(shù)微生物是變形菌門，而組織樣品中富集了厚壁菌門。排除污染后，研究者發(fā)現(xiàn)與正常乳腺組織相比，BT組織的α多樣性降低，表明某些微生物的選擇和擴(kuò)增。BT組織顯示出厭氧菌的急劇減少和兼性厭氧菌的顯著增加。以上結(jié)果表明，自發(fā)腫瘤組織中確實(shí)含有大量的活細(xì)菌。
16S熒光原位雜交(FISH)分析 大量腫瘤常駐菌位于胞質(zhì)中
利用16S熒光原位雜交(FISH)分析、脂多糖(LPS)染色、脂磷壁酸(LTA)染色技術(shù)，以及高分辨率電子顯微鏡，研究者進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)在腫瘤組織細(xì)胞中有大量微生物的存在，而這些結(jié)果在通過抗生素處理實(shí)驗(yàn)中進(jìn)一步得以驗(yàn)證。
大量常駐菌位于細(xì)胞質(zhì)中
這項(xiàng)研究揭示了腫瘤微生物群落在乳腺癌轉(zhuǎn)移中的潛在作用，并為開發(fā)新的癌癥治療策略提供了科學(xué)依據(jù)。
5.3 擴(kuò)增在晚期非小細(xì)胞肺癌患者中:現(xiàn)實(shí)世界的比較研究16s+FISH+ddPCR
文章旨在評(píng)估血漿ddPCR和組織NGS在檢測(cè)局部晚期或轉(zhuǎn)移性NSCLC患者M(jìn)ET擴(kuò)增的性能，并與組織樣本的熒光原位雜交（FISH）技術(shù)進(jìn)行了比較。血漿ddPCR與FISH具有較高的一致性（敏感性74.1%、特異性92.5%和準(zhǔn)確度87.2%，kappa值為0.68），在MET擴(kuò)增檢測(cè)方面優(yōu)于組織NGS（kappa值為0.64）。血漿ddPCR和組織NGS聯(lián)合檢測(cè)與FISH具有較高的一致性（敏感性92.3%、特異性89.2%和準(zhǔn)確度90.1%，kappa值為0.77）。對(duì)于FISH和血漿ddPCR檢測(cè)到MET擴(kuò)增并接受MET-TKI治療的NSCLC患者，其療效相當(dāng)。
5.3.1采用的檢測(cè)方法：
? FISH：作為檢測(cè)MET擴(kuò)增的金標(biāo)準(zhǔn)，用于評(píng)估腫瘤組織樣本中的基因拷貝數(shù)（GCN）和MET與染色體7中心粒（MET/CEP7）的比率。
? ddPCR：一種先進(jìn)的技術(shù)，用于絕對(duì)定量核酸分子，無(wú)需標(biāo)準(zhǔn)曲線。它通過將反應(yīng)分成包含單個(gè)核酸模板分子的數(shù)千個(gè)微滴來(lái)檢測(cè)基因突變或表達(dá)豐度，具有0.1%的靈敏度。
? 組織NGS：評(píng)估MET擴(kuò)增，通過計(jì)算與正常MET狀態(tài)樣本池建立的基線相對(duì)的GCN比率。
5.3.2 樣本類型
所有患者通過腫瘤組織活檢使用FISH進(jìn)行MET擴(kuò)增檢測(cè)，并在活檢前后約2周收集成對(duì)血漿樣本。如果有腫瘤組織，則進(jìn)行組織NGS。
ddPCR檢測(cè)：組織樣本的gDNA約為12ng，外周血樣本的cfDNA至少為1.2ng
5.3.3結(jié)果展示
設(shè)置 ddPCR 的截止值
為了確定血漿ddPCR 的截止值，我們首先驗(yàn)證了其在健康個(gè)體中的一致性。我們分析了141份接受常規(guī)醫(yī)學(xué)檢查的志愿者外周血樣本，發(fā)現(xiàn)ddPCR比值均勻分布在1.0和1.2之間，平均在1左右。然后我們分析38份肺癌組織和49份已確認(rèn) FISH 結(jié)果的肺癌患者血漿。發(fā)現(xiàn)MET陽(yáng)性組織血漿和組織ddPCR比值均超過2，而MET陰性組織血漿和組織ddPCR比值低于2。得到的ROC曲線的曲線下面積(AUC)分別為血漿和組織的0.998和1.00，因此我們將ddPCR檢測(cè)MET擴(kuò)增的截止值設(shè)為2.0。
FISH和ddPCR MET擴(kuò)增診斷性能一致性分析
（a）MET-FISH陽(yáng)性組和陰性組ddPCR比率的小提琴曲線圖。（b）MET-FISH陽(yáng)性組和MET-ddPCR陽(yáng)性組的維恩圖。
（b）ddPCR陽(yáng)性和FISH陽(yáng)性樣本之間的總體相關(guān)性。（d）血漿ddPCR的ROC曲線分析。
AUC曲線下面積；ddPCR液滴數(shù)字聚合酶鏈反應(yīng)；FISH熒光原位雜交；MET間質(zhì)-上皮轉(zhuǎn)化；ROC受試者工作特征。
FISH 是檢測(cè)MET擴(kuò)增的標(biāo)準(zhǔn)方法。本研究基于94份配對(duì)樣本，評(píng)估了血漿 ddPCR與FISH檢測(cè)MET擴(kuò)增的一致性。不同臨床分期和腫瘤負(fù)荷的血漿ddPCR MET擴(kuò)增檢測(cè)無(wú)顯著差異。我們的分析顯示 FISH 陰性組和陽(yáng)性組的血漿ddPCR比率存在顯著差異，平均比率分別為1.59和2.82 圖2（a）血漿ddPCR陽(yáng)性(n=25) 和FISH陽(yáng)性(n=27)重疊率為62%圖2（b）5份FISH陰性樣本經(jīng)血漿 ddPCR 檢測(cè)呈陽(yáng)性，7份FISH 陽(yáng)性樣本經(jīng)血漿 ddPCR檢測(cè)呈陰性，靈敏度、特異性、準(zhǔn)確度和kappa值分別為74.1%、92.5%、87.2% 和0.68圖2（c）此外，ROC曲線顯示血漿ddPCR檢測(cè)MET擴(kuò)增的AUC為0.861 圖2（d）。這些發(fā)現(xiàn)表明血漿ddPCR和FISH在檢測(cè)MET擴(kuò)增方面具有相當(dāng)?shù)囊恢滦浴?/span>
于ddPCR方法的MET FISH 擴(kuò)增的診斷性能
由于腫瘤組織量不足，3例患者無(wú)法進(jìn)行NGS分析，其中1例為FISH陽(yáng)性，另2例為FISH陰性。其余91例（96.8%）同時(shí)獲得了FISH和NGS結(jié)果。與血漿ddPCR結(jié)果相似，組織NGS陽(yáng)性（n=18）和FISH陽(yáng)性（n=26）也較常見（57%）[補(bǔ)充圖S2(A)]。2例FISH陰性病例為組織NGS陽(yáng)性，10例FISH陽(yáng)性病例為組織 NGS 陰性。因此，組織NGS檢測(cè)MET擴(kuò)增的靈敏度、特異性、準(zhǔn)確度和κ值分別為61.5%、96.9%、86.8% 和0.64[補(bǔ)充圖 S2(B)]。雖然組織NGS與FISH的MET擴(kuò)增一致率高于我們中心之前報(bào)告的值（62.5%），但血漿ddPCR方法在數(shù)值上表現(xiàn)出了更優(yōu)異的性能。
這項(xiàng)研究支持了血漿ddPCR在檢測(cè)晚期NSCLC患者M(jìn)ET擴(kuò)增中的效用和可行性，并指出了進(jìn)一步驗(yàn)證這些發(fā)現(xiàn)的前瞻性臨床試驗(yàn)的必要性。
5.4 人類肝細(xì)胞癌和鄰近非腫瘤組織的微生物概況概述： 16S+FISH
腫瘤內(nèi)微生物群落最近被發(fā)現(xiàn)存在于多種癌癥中，并被發(fā)現(xiàn)復(fù)雜地參與腫瘤進(jìn)展。因此，研究肝細(xì)胞癌(HCC)中腫瘤內(nèi)微生物分布的特征和功能是必要的。
5.4.1采用的檢測(cè)方法：
? 對(duì)HCC組織進(jìn)行了熒光原位雜交(FISH)，從而驗(yàn)證微生物在HCC中的存在。
? 使用16S rRNA測(cè)序技術(shù)對(duì)99個(gè)臨床收集的肝癌和相鄰非癌組織進(jìn)行MiSeq測(cè)序，得到了兩者內(nèi)部微生物的全面圖譜。發(fā)現(xiàn)肝癌組織中的微生物群落多樣性（包括α和β多樣性）顯著高于癌旁組織。
5.4.2樣本類型
肝癌及癌旁組織標(biāo)本。所有腫瘤組織及鄰近組織均行手術(shù)切除。
5.4.3結(jié)果展示
熒光原位雜交(FISH)證實(shí)了肝細(xì)胞癌中存在細(xì)菌
A.肝細(xì)胞癌組織和癌旁組織的H&E染色。 評(píng)估HCC和非腫瘤組織的典型特征B.細(xì)菌16S rRNA序列的B-FISH分析證實(shí)了細(xì)菌在HCC中的存在。HCC組織中含有細(xì)菌，盡管數(shù)量較少。C.代表性免疫細(xì)胞染色。CD68+細(xì)胞和CD45+細(xì)胞中均有細(xì)菌。其中CD68+細(xì)胞被認(rèn)為是巨噬細(xì)胞。
16S rRNA測(cè)序 肝細(xì)胞癌和癌旁組織微生物群組成的差異
A.序列數(shù)據(jù)的稀疏度曲線。在特定的測(cè)序深度下，曲線趨于平緩，即數(shù)據(jù)量的增加產(chǎn)生的新otu相對(duì)較少，說(shuō)明我們的測(cè)序數(shù)據(jù)深度是合理的。B. HCC和癌旁組織中不同樣品覆蓋率的核心微生物。在不同的樣品覆蓋水平下，從HCC和癌旁組織中獲得的樣品中共享微生物的數(shù)量是一致的。在所有樣品中鑒定出15種核心微生物，并且在HCC和癌旁組織中一致。C.組間OTU數(shù)的集合分布分析。腫瘤組織中有263個(gè)獨(dú)特的otu，鄰近組織中有超過241個(gè)獨(dú)特的otu，這表明兩組之間的微生物種類存在顯著差異。
肝癌和癌旁組織中微生物的Alpha 和Beta多樣性
A組間Ace指數(shù)的差異。B組間Chao指數(shù)的差異。C組間 Shannon指數(shù)的差異。D組間Simpson指數(shù)的差異。E基于未加權(quán)UniFrac距離的細(xì)菌Beta多樣性 PCoA。F基于ANOSIM 的微生物群Beta多樣性
以上結(jié)果表明HCC和癌旁組織在單個(gè)樣本的細(xì)菌豐富度和兩組的整體組成上存在顯著差異。
肝癌和癌旁組織微生物組成的差異
A.肝癌和癌旁組織在門水平上的微生物組成。B屬水平上肝癌和癌旁組織的微生物組成。C基于Mann-Whitney U檢驗(yàn)的研究組在門水平上的微生物差異。D .基于Mann-Whitney U檢驗(yàn)的研究群體在屬水平上的微生物差異
基于LEfSe和隨機(jī)森林識(shí)別肝細(xì)胞癌與癌旁組織之間的微生物組及其功能的差異
A.基于LEfSe和隨機(jī)森林的HCC和癌旁組織間微生物組及其功能的差異包含從門到屬水平的不同細(xì)菌分類群的進(jìn)化圖譜。B.屬水平微生物群差異LDA直方圖。C.根據(jù)隨機(jī)森林算法確定的對(duì)群體差異貢獻(xiàn)最大的微生物。D .基于KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的組間代謝途徑差異。E .基于MetaCyc數(shù)據(jù)庫(kù)的組間代謝途徑差異。
文章綜合評(píng)價(jià)了HCC組織的瘤內(nèi)微生物圖譜，初步探討了微生物群落參與脂質(zhì)代謝變化及影響HCC進(jìn)展的作用機(jī)制，為該領(lǐng)域的進(jìn)一步研究奠定了基礎(chǔ)。
5.5 利用培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)分離培養(yǎng)肺部微生物群研究 16S+培養(yǎng)組學(xué)
使用培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)分離培養(yǎng)肺部微生物群，初步了解人體肺部可培養(yǎng)細(xì)菌的組成特點(diǎn)，建立呼吸道微生物菌庫(kù)，為以后進(jìn)行重點(diǎn)菌株的功能研究提供菌株條件。
培養(yǎng)組學(xué)工作流程示意圖
針對(duì)6個(gè)臨床肺泡灌洗液樣本，使用補(bǔ)充不同添加劑的血培養(yǎng)瓶對(duì)樣本進(jìn)行預(yù)增菌，在預(yù)增菌不同的時(shí)間點(diǎn)對(duì)血培養(yǎng)瓶?jī)?nèi)細(xì)菌進(jìn)行分離培養(yǎng)和保藏，使用MALDI-TOF質(zhì)譜和16S rRNA基因測(cè)序鑒定分離菌株。
共獲得101種已鑒定細(xì)菌，6株潛在新菌，2株真菌。其中細(xì)菌包括5個(gè)門、14個(gè)綱、24個(gè)目、35個(gè)科和45個(gè)屬。預(yù)增菌前期的時(shí)間點(diǎn)分離菌種數(shù)較多，厭氧環(huán)境分離菌種多于需氧條件，在預(yù)增菌時(shí)添加羊血和瘤胃液起到良好的分離效果，本實(shí)驗(yàn)分離的肺部微生物群與人體其他部位(尤其是腸道)有很大的交叉。
肺部微生物群分離培養(yǎng)情況
6個(gè)樣本中分離細(xì)菌總體情況 A: 6個(gè)樣品中分離細(xì)菌的數(shù)量;B:不同肺泡灌洗液樣本間分離細(xì)菌的維恩;C:從6個(gè)樣品中分離出的細(xì)菌及其在每個(gè)樣品中的分布。
利用培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)對(duì)肺部微生物群的分離培養(yǎng)，繼續(xù)探索對(duì)肺部微生物群培養(yǎng)的優(yōu)化方法具有現(xiàn)實(shí)意義。
微基生物科技（上海）有限公司，是專門從事微生物生態(tài)學(xué)/微生態(tài)相關(guān)研究的高科技服務(wù)公司。致力于為客戶提供微生態(tài)整體研究服務(wù)，歡迎有腫瘤微生物研究需求的老師們前來(lái)咨詢了解。
參考文獻(xiàn)：
1. Bacteria and tumor: Understanding the roles of bacteria in tumor genesis and immunology
2. Intratumor microbiome in cancer progression: current developments, challenges and future trends.
3. The Intratumoral Bacterial Metataxonomic Signature of Hepatocellular Carcinoma.
4. Tumor-resident intracellular microbiota promotes metastatic colonization in breast cancer .
5. Plasma ddPCR for the detection of MET amplification in advanced NSCLC patientsa comparative real-world study.
6. Overview of microbial profles in human hepatocellular carcinoma and adjacent nontumor tissues.
7. 利用培養(yǎng)組學(xué)技術(shù)分離培養(yǎng)肺部微生物群研究。
微基生物推出：腫瘤微生物檢測(cè)整體方案及個(gè)性化設(shè)計(jì)服務(wù)，首發(fā)于微基生物。
]]>微生物組學(xué)&培養(yǎng)組學(xué)聯(lián)合檢測(cè)套餐 大幅拓展可檢測(cè)微生物的多樣性，首發(fā)于微基生物。
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服務(wù)簡(jiǎn)介：利用培養(yǎng)組學(xué)（多達(dá)48或96種條件）將原始樣本中可培養(yǎng)微生物大大富集并進(jìn)行微生物組學(xué)的檢測(cè)，使原始樣本中可檢測(cè)的微生物類型大為豐富。為此后的微生物的培養(yǎng)分離驗(yàn)證了條件。
使用需氧/厭氧活菌保存液保存樣本，微生物的種類更豐富，多樣性更顯著。
引言
培養(yǎng)組學(xué)（Culturomics）是一種綜合方法，使用多種培養(yǎng)條件在不同培養(yǎng)基上培養(yǎng)細(xì)菌菌落，然后使用16S rDNA測(cè)序或MALDI-TOF質(zhì)譜平臺(tái)對(duì)其進(jìn)行鑒定，是了解特定菌或菌群在宿主中作用的關(guān)鍵?？梢暂^大程度的發(fā)現(xiàn)潛在的新菌株和微生物，豐富現(xiàn)有的可培養(yǎng)微生物資源庫(kù)。
16S rRNA基因測(cè)序或宏基因組測(cè)序，極大豐富了微生物組數(shù)據(jù)庫(kù)。但測(cè)序技術(shù)的檢測(cè)閾值較高，即低豐度細(xì)菌可能無(wú)法通過測(cè)序檢出。不能了解具體菌株的實(shí)際功能和生理特性。而培養(yǎng)組學(xué)通過培養(yǎng)基的設(shè)計(jì)及培養(yǎng)條件的多樣化，可以培養(yǎng)和檢測(cè)豐度較低的細(xì)菌。分離培養(yǎng)出更多細(xì)菌類別，對(duì)于在菌株水平的研究和推廣應(yīng)用意義重大。因此測(cè)序技術(shù)與培養(yǎng)組學(xué)之間是互補(bǔ)的。
通過多種培養(yǎng)基條件培養(yǎng)與16S rRNA基因測(cè)序相結(jié)合來(lái)檢測(cè)細(xì)菌的多樣性，對(duì)于研究微生物群更為全面。用于特定菌株的分離培養(yǎng)，從微生物群中分離出感興趣的細(xì)菌，為探索微生物群與宿主相互作用的機(jī)制提供了新的機(jī)會(huì)。
服務(wù)內(nèi)容
1.原始樣本二代高通量測(cè)序，檢測(cè)樣本中微生物種類及其相對(duì)豐度。
2.將樣本在實(shí)驗(yàn)設(shè)定的多種培養(yǎng)基和培養(yǎng)條件中培養(yǎng)，通過二代測(cè)序檢測(cè)物種豐富度。
3.原始樣本與培養(yǎng)組菌落測(cè)序結(jié)果對(duì)比，了解細(xì)菌的種類及豐富度，是否可培養(yǎng)等情況。
4.根據(jù)測(cè)序得到物種豐富度選擇適合目標(biāo)菌株生長(zhǎng)的培養(yǎng)基及培養(yǎng)條件。
5.后繼建立適合特定目標(biāo)菌株生長(zhǎng)的特定培養(yǎng)基及培養(yǎng)條件，分離純化得到目標(biāo)菌株。
（參考微基官網(wǎng)：特定菌株代測(cè)分離培養(yǎng)http://m.jungeng.cn/culture-isolation/special-bacterial-strains）
樣本類型
糞便、腸道組織、腫瘤組織、土壤、淤泥、植物、藥品等樣本中的微生物
名詞解釋
1.特定菌株的分離培養(yǎng)：利用特定菌的培養(yǎng)基和培養(yǎng)條件，對(duì)目的菌進(jìn)行培養(yǎng)，同時(shí)利用96孔板進(jìn)行大規(guī)模的分離、純化等反復(fù)操作，找到目的菌株。對(duì)最終純化好的目的菌株進(jìn)行菌種鑒定，從基因水平上再次確認(rèn)目標(biāo)菌株。
2.16S rRNA測(cè)序研究到了屬水平，全基因組測(cè)序研究到了種的水平，而培養(yǎng)組學(xué)深入到株的水平。因此，培養(yǎng)組學(xué)的研究深度優(yōu)于16S rRNA測(cè)序和宏基因組學(xué)。
文獻(xiàn)解讀
1.豬腸道微生物的培養(yǎng)
Comprehensive Cultivation of the Swine Gut Microbiome Reveals High Bacterial Diversity and Guides Bacterial Isolation in Pigs（2021）
背景
1.使用53種細(xì)菌培養(yǎng)方法，用不同的培養(yǎng)基和氣體組合，從三頭處于四個(gè)不同生長(zhǎng)階段的豬中培養(yǎng)了豬的腸道微生物群。
2.依賴于培養(yǎng)(CD；來(lái)自每種方法的菌落混合物)和培養(yǎng)非依賴性(CI；原始糞便懸浮液)樣品進(jìn)行分別進(jìn)行16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序。
3.在連續(xù)生長(zhǎng)階段的CI和CD樣品中觀察到微生物多樣性增加。在CI樣本中觀察到總共378、482、565和555個(gè)細(xì)菌擴(kuò)增子序列變異體(asv),使用CD方法分別在泌乳、保育、生長(zhǎng)和育肥階段檢測(cè)到更高的微生物多樣性(415、675、808和823個(gè)觀察到的asv)。
4.基于培養(yǎng)依賴的方法，豬腸道微生物群比以前所知的更加多樣化。
主要結(jié)果
（1）豬腸道微生物群在四個(gè)生長(zhǎng)階段的非培養(yǎng)(CI)和培養(yǎng)依賴(CD)視圖。
（2）兩種培養(yǎng)方法在四個(gè)時(shí)間點(diǎn)通過16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序收集的豬糞中的門和前20個(gè)屬的堆積條形圖。
（3）53 種培養(yǎng)方法下（A紅色，好氧條件；N藍(lán)色，厭氧條件），豬體內(nèi)感興趣的富集特定細(xì)菌ASV的熱圖。
（4）系統(tǒng)進(jìn)化樹分析顯示了在需氧和厭氧條件下瓊脂平板上檢測(cè)到的前200個(gè)細(xì)菌asv。
（5）由SparCC(R.0.4，P，0.05)在每個(gè)時(shí)間點(diǎn)(a)在文化獨(dú)立(CI)和文化依賴(CD)模型中公開的共享共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)。
（6）基于16S rRNA基因V3-V7高變區(qū)的148種不同細(xì)菌分類群的系統(tǒng)發(fā)生樹分析。
結(jié)論
1.本研究采用53種培養(yǎng)方法，對(duì)三頭不同生長(zhǎng)階段的豬的12份糞便樣品進(jìn)行了研究，以探討豬腸道微生物的可培養(yǎng)性，并為這方面的研究提供指導(dǎo)。
2.我們的數(shù)據(jù)顯示大約50%的asv和75%的屬和科是可培養(yǎng)的。綜合培養(yǎng)與不依賴培養(yǎng)的測(cè)序方法一起，顯著擴(kuò)展了我們對(duì)豬腸道微生物豐富性的認(rèn)識(shí)。我們還分離了許多重要的細(xì)菌asv，包括幾個(gè)新的物種和重要的核心asv，它們被非培養(yǎng)方法所忽略。
3.此外，我們還生成了一個(gè)參考熱圖，用于指導(dǎo)特定目標(biāo)菌群的培養(yǎng)，例如豬體內(nèi)的某些益生菌和優(yōu)勢(shì)菌群。我們還研究了不同因素如氧氣、生長(zhǎng)培養(yǎng)基、供體年齡、抗生素和血瓶培養(yǎng)預(yù)富集對(duì)豬腸道微生物群培養(yǎng)的影響。通過將我們的結(jié)果與人類培養(yǎng)組學(xué)進(jìn)行比較，觀察到了相似的模式，這加強(qiáng)了豬和人類腸道群落之間相似性的想法。
4.最后，網(wǎng)絡(luò)分析顯示了獨(dú)立于培養(yǎng)的微生物群之間的共享共現(xiàn)模式，驗(yàn)證了利用體內(nèi)數(shù)據(jù)開發(fā)的生態(tài)模型的發(fā)現(xiàn)。
2.人類腸道微生物的培養(yǎng)
Capturing the diversity of the human gut microbiota through culture-enriched
molecular profiling（2016）
背景
1.培養(yǎng)組學(xué)和16S rRNA基因測(cè)序相結(jié)合，可以培養(yǎng)人類腸道微生物群16S測(cè)序鑒定的大多數(shù)細(xì)菌。
2.33種培養(yǎng)基培養(yǎng)5個(gè)新鮮的糞便樣本，厭氧和需氧培養(yǎng)板產(chǎn)生66種培養(yǎng)條件。
3.糞便微生物群的可培養(yǎng)部分是通過將培養(yǎng)板的16S測(cè)序回收的操作分類單位(OTU)與糞便樣本的非培養(yǎng)獨(dú)立測(cè)序的OTU進(jìn)行比較來(lái)確定的。
4.兩個(gè)新鮮糞便樣本進(jìn)行毛螺菌科菌株的靶向分離。
主要結(jié)果
(1)富含培養(yǎng)物的分子譜分析捕獲了大部分OTUs。
(2)與不依賴于培養(yǎng)物的測(cè)序相比，富含培養(yǎng)物的分子譜分析檢測(cè)到更多的OTU。
(3) 毛螺菌科分離鑒定：根據(jù)之前的營(yíng)養(yǎng)基中培養(yǎng)測(cè)序的結(jié)果。新鮮收集的HV7和IBS4糞便樣本在BHI+ 1g/L菊粉(BHI+inu)和熟肉瓊脂(BEEF)上進(jìn)行厭氧培養(yǎng)。將分離株的16S rRNA基因序列與人類微生物組計(jì)劃(HMP)列表中的毛螺菌科共有序列進(jìn)行比較。
79株毛螺菌科分離株與107株RDP毛螺菌科分離株的16S rRNA最大似然樹。
結(jié)論
1.利用66種培養(yǎng)條件與16S rRNA基因測(cè)序相結(jié)合，允許培養(yǎng)糞便樣本中平均95%豐度大于 0.1%的OTU。未培養(yǎng)的OTU在糞便中豐度較低。
2.CD與CI的測(cè)序進(jìn)行比較表明，大多數(shù)OTU只能通過培養(yǎng)物檢測(cè)到，突出了培養(yǎng)物在研究腸道微生物群多樣性方面的優(yōu)勢(shì)。
3.將富含培養(yǎng)物的分子譜分析應(yīng)用于目標(biāo)毛螺菌科菌株，結(jié)果回收了79株菌株，其中12株在人類微生物組計(jì)劃的“頭號(hào)通緝”名單上。
微基生物推出的：微生物組學(xué)&培養(yǎng)組學(xué)聯(lián)合檢測(cè)套餐，大幅拓展可檢測(cè)微生物的多樣性。歡迎感興趣朋友前來(lái)咨詢了解。聯(lián)系電話：021-50763698。
微生物組學(xué)&培養(yǎng)組學(xué)聯(lián)合檢測(cè)套餐 大幅拓展可檢測(cè)微生物的多樣性，首發(fā)于微基生物。
]]>多組學(xué)(Multi-omics)研究是探究生物系統(tǒng)中多種物質(zhì)之間相互作用的方法。隨著微生物組學(xué)研究的不斷發(fā)展，越來(lái)越多的研究者開始將微生物組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白組學(xué)及代謝組學(xué)聯(lián)合起來(lái)，通過兩種或兩種以上組學(xué)研究方法從物種、基因以及代謝產(chǎn)物等水平共同解釋科學(xué)問題，更好地理解疾病病變過程及機(jī)體內(nèi)物質(zhì)的代謝途徑。
16S 檢測(cè)與代謝組學(xué)能夠?qū)颖局形⑸镱悇e或者豐度與代謝產(chǎn)物豐度產(chǎn)生關(guān)聯(lián)。宏基因組與代謝組學(xué)的關(guān)聯(lián)主要是其代謝通路中功能基因和代謝產(chǎn)物的關(guān)聯(lián)。微基生物提供基因組學(xué)、代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析服務(wù)，為腸道菌群與宿主疾病研究，腸道菌群與人體免疫，腫瘤發(fā)展/治療等提供多組學(xué)聯(lián)合分析，結(jié)果更可靠、數(shù)據(jù)更豐富。
技術(shù)路線
結(jié)果展示
差異物種與差異代謝物相關(guān)性分析
RDA/CCA分析
Network 網(wǎng)絡(luò)分析
Network ROC分析
文獻(xiàn)解讀
一）文章題目:Omics and multi-omics approaches to study the biosynthesis of secondary metabolites in microorganisms 微生物次生代謝產(chǎn)物生物合成的多組學(xué)研究（綜述）
Current Opinion in Microbiology (IF: 6.710)
微生物產(chǎn)生的天然產(chǎn)物是生物活性分子的主要來(lái)源。高通量(組學(xué))技術(shù)的發(fā)展對(duì)增加了我們對(duì)復(fù)雜的編碼次級(jí)代謝產(chǎn)物的生物合成基因簇(biosynthetic gene clusters ,BGCs)表達(dá)機(jī)制的理解?；蚪M學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)和組合組學(xué)可作為發(fā)現(xiàn)新抗生素的有力策略。
微生物次生代謝產(chǎn)物生物合成的多組學(xué)研究
參考文獻(xiàn)： Palazzotto E , Weber T . Omics and multi-omics approaches to study the biosynthesis of secondary metabolites in microorganisms[J]. Current Opinion in Microbiology, 2018, 45:109-116.
2) 文章題目:Distinct signatures of gut microbiome and metabolites associated with significant fibrosis in non-obese NAFLD 腸道菌群及其代謝物或參與非肥胖性非酒精性脂肪肝病患者的肝纖維化
Nature Communications (IF: 12.121)
主要技術(shù)：16S微生物多樣性，非靶向代謝組，宏基因組
技術(shù)路線
主要結(jié)果：
非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease，NAFLD)最終可導(dǎo)致晚期纖維化和肝硬化。使用16S rRNA基因測(cè)序和代謝組檢測(cè)分析了實(shí)驗(yàn)參與者的腸道微生物組及代謝產(chǎn)物，并對(duì)部分非肥胖NAFLD受試者樣本進(jìn)行宏基因組測(cè)序。非肥胖受試者的纖維化嚴(yán)重程度與微生物多樣性的顯著變化相關(guān)，糞便膽汁酸和丙酸鹽升高，尤其是在具有顯著纖維化的非肥胖受試者中。這項(xiàng)研究為微生物群在肝纖維化發(fā)病機(jī)制中，特別是非肥胖受試者的作用提供了證據(jù)。
肥胖/非肥胖受試者腸道微生物多樣性比較
肥胖/非肥胖受試者微生物類群和糞便代謝物成分的分布網(wǎng)絡(luò)比較
宏基因組分析非肥胖受試者中纖維化相關(guān)微生物菌群
參考文獻(xiàn)：Lee G , You H J , Bajaj J S , et al. Distinct signatures of gut microbiome and metabolites associated with significant fibrosis in non-obese NAFLD[J]. Nature Communications, 2020, 11(1):4982.
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