極端環(huán)境微生物多樣性分析，首發(fā)于微基生物。
]]>近年來(lái)，科學(xué)家們?cè)诒?、火山、深海等極端環(huán)境中陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了新的生命形式，一些獨(dú)具基因類型的極端微生物在這些“生命禁區(qū)”中繁衍生息。由于特殊的生存環(huán)境造就細(xì)胞的復(fù)雜性及其功能的差異性，其科研的價(jià)值和代謝產(chǎn)物作為產(chǎn)品的應(yīng)用前景不可估量，比如低溫酶在食品、藥品保存、運(yùn)輸中的應(yīng)用。
微基生物采用分子生物學(xué)結(jié)合高通量測(cè)序的方法，可以得到樣品中絕大部分微生物的信息，并通過(guò)生信/統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析，找到樣品中微生物群落結(jié)構(gòu)的多樣性，助您完成科研。
- 數(shù)據(jù)庫(kù)：Silva，GreenGene，RDP
收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息數(shù)據(jù)庫(kù)。
- 高通量測(cè)序
目前市面上常用的用于研究環(huán)境微生物的高通量測(cè)序平臺(tái)有Illumina MiSeq，Roche 454和Ion Torrent PGM。Illumina MiSeq平臺(tái)憑借其測(cè)序讀長(zhǎng)長(zhǎng)、測(cè)序周期短、通量大等特點(diǎn)，成為使用最為普遍的測(cè)序平臺(tái)。
高通量分析流程：
- 樣品采集及運(yùn)送：
新鮮樣品：2-3 g
DNA樣品：濃度大于 10 ng/uL，總量大于500ng 的基因組 DNA。DNA 純度較差或降解嚴(yán)重會(huì)影響后繼的擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。如果方便的話，可提供電子版DNA電泳檢測(cè)照片及 OD260/280
樣品運(yùn)送：送樣時(shí)采用干冰保存運(yùn)輸；若是距離較遠(yuǎn)，建議采用干冰加冰袋的方式，與樣品一起存放于冰盒中。
生信/統(tǒng)計(jì)分析
案例分析：
標(biāo)題：北冰洋中心區(qū)新開(kāi)水域微微型浮游植物優(yōu)勢(shì)地位分析
分析物種：微微型浮游植物
高通量測(cè)序平臺(tái)：Roche 454
測(cè)序區(qū)域：18S V4區(qū)
主要實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
微微型浮游植物為該海域的優(yōu)勢(shì)群落，可占葉綠素生物量的44%-80%。青綠藻、硅藻、藍(lán)細(xì)菌、金藻及甲藻為鑒定出的主要光合浮游生物綱，分別占到微微型浮游植物的0–88%, 2–80%, 0–20%, 4–14% 及2–11%。其中真核生物的優(yōu)勢(shì)屬（種）為塔胞藻Pyramimonas (Pyramimonas gelidicola), 微胞藻Micromonas (Micromonas pusilla) 及棕囊藻Phaeocystis。值得注意的是，高通量測(cè)序分析的結(jié)果表明，塔胞藻要比泛北冰洋優(yōu)勢(shì)種微胞藻的相對(duì)豐度高3倍；而Pyramimonas gelidicola也為第一優(yōu)勢(shì)種，要比一直認(rèn)為的北冰洋夏季第一優(yōu)勢(shì)種Micromonas pusilla高1.5倍。典型相關(guān)性分析（CCA）結(jié)果表明：緯度和鹽度是影響微微型浮游植物群落組成及分布的主要因素。
圖1 微微型浮游植物的群落組成及環(huán)境因子分布的CCA展示圖
圖2 微微型浮游植物的群落組成（基于HPLC 色素分析及CHEMTAX方法）
原文鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00300-015-1662-7
參考文獻(xiàn)：
(Zhang, He et al. 2015)Zhang, F., J. He, L. Lin and H. Jin (2015). “Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean.” Polar Biology 38(7): 1081-1089.
極端環(huán)境微生物多樣性分析，首發(fā)于微基生物。
]]>廠房環(huán)境微生物，首發(fā)于微基生物。
]]>微基生物提供廠房環(huán)境微生物多樣性分析的整體科研服務(wù)：實(shí)驗(yàn)規(guī)劃->樣本采集保存->分子實(shí)驗(yàn)->生信統(tǒng)計(jì)分析->論文協(xié)助
微基生物采用高通量測(cè)序、PCR-DGGE、實(shí)時(shí)熒光定量PCR等方法，對(duì)樣本中的DNA進(jìn)行序列測(cè)定，并通過(guò)生信統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，揭示腸道中微生物的種類以及它們之間的相對(duì)豐度和進(jìn)化關(guān)系，探討微生物多樣性，研究廠房微生物與環(huán)境間的相關(guān)關(guān)系。
技術(shù)路線：
高通量分析流程
PCR-DGGE分析流程
檢測(cè)平臺(tái)：
微基生物擁有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量測(cè)序分析，PacBio第三代高通量測(cè)序分析，PCR-DGGE變性梯度凝膠分析，實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文庫(kù)等檢測(cè)平臺(tái)。
樣品采集：
微基生物為客戶提供樣品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取樣勺和保存管等。
送樣要求：
樣品原樣
(1)樣品類型：根據(jù)廠房環(huán)境，新鮮取樣，凍存于-80℃
(2)樣品需求：≥2g
(3)樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸
DNA類型
(1) 樣品類型： DNA
(2) 樣品需求量：≥300ng
(3) 樣品濃度： ≥10ng/μL
(4) 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無(wú)降解
(5) 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用冰袋或干冰運(yùn)輸
(6) 對(duì)于本種類型的樣品，我們?cè)跈z測(cè)完樣品的質(zhì)量后，進(jìn)行PCR擴(kuò)增等后續(xù)試驗(yàn)
生物信息與統(tǒng)計(jì)學(xué)服務(wù)：
生信分析項(xiàng)目
更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請(qǐng)?jiān)斣儯?em>400-660-9270
廠房環(huán)境微生物，首發(fā)于微基生物。
]]>重金屬在人體中累積達(dá)到一定程度，會(huì)造成慢性中毒。重金屬污染土壤的生態(tài)修復(fù)主要是利用植物或土壤中天然的微生物資源，削減、凈化土壤中重金屬或降低重金屬毒性，從而使污染物的濃度降低到可接受的水平，或?qū)⒂卸居泻Φ奈廴疚镛D(zhuǎn)化為無(wú)害的物質(zhì)，也包括將污染物穩(wěn)定化，以減少其向周邊環(huán)境的擴(kuò)散。重金屬的植物修復(fù)，就是利用植物在水或土壤中固定、降解或提取污染物。重金屬污染的特點(diǎn)是不能被微生物降解而從環(huán)境中徹底消除，只能從一種形態(tài)轉(zhuǎn)化為另一種形態(tài)。
所以重金屬的微生物修復(fù)通過(guò)以下途徑：利用微生物化學(xué)、微生物有效性和微生物活性原則，把重金屬轉(zhuǎn)化為較低毒性產(chǎn)物（絡(luò)合態(tài)、脫烷基、改變價(jià)態(tài)）；或利用重金屬與微生物的親和性進(jìn)行吸附及生物學(xué)活性最佳的機(jī)會(huì)，降低重金屬的毒性和遷移能力。
植物提取修復(fù)是植物修復(fù)中的一種，即通過(guò)植物吸收和轉(zhuǎn)運(yùn)的方式，轉(zhuǎn)移污染土壤中的污染物進(jìn)入植物的可收獲部分，這相當(dāng)于是一種對(duì)金屬的濃縮技術(shù)。盡管植物修復(fù)雖然克服了微生物修復(fù)難以收集的缺點(diǎn)，但過(guò)量的重金屬往往對(duì)植物生長(zhǎng)產(chǎn)生抑制，且修復(fù)植物的生物量太小，修復(fù)過(guò)程緩慢。因而將二者結(jié)合起來(lái)利用微生物強(qiáng)化重金屬植物修復(fù)，可使生物修復(fù)效果的有效性得以提高。
在重金屬污染土壤的生態(tài)修復(fù)過(guò)程中微生物主要通過(guò)以下幾種方式起作用：
1.通過(guò)微生物的吸附、代謝達(dá)到對(duì)重金屬消減、凈化作用和固定作用；
2.通過(guò)微生物改變重金屬的化學(xué)形態(tài)，使重金屬固定或生物可利用性降低，減少重金屬的危害；
3.土壤微生物過(guò)氧化還原作用改變根際重金屬形態(tài)或產(chǎn)生的有機(jī)酸等方式可能增加金屬的溶解性，提高重金屬的有效性，以利于植物吸收；
4.通過(guò)促進(jìn)植物作物生長(zhǎng)、提高植物抗病、抗逆能力等方式間接影響修復(fù)效率。