微基生物 您自己的微生態(tài)研究團(tuán)隊(duì)|專注微生態(tài)研究與應(yīng)用
自然界中存在著許多極端環(huán)境，如冰川、火山口、深海等，這些地方不適合人和其他動(dòng)植物的生存，但是卻有大量微生物的存在，這些微生物即為極端微生物。極端微生物主要包括嗜熱菌、嗜冷菌、嗜鹽菌、嗜酸菌、嗜堿菌、嗜壓菌、極端厭氧菌等。有些超級(jí)極端微生物還可適應(yīng)多種極端環(huán)境，如嗜酸菌、嗜鹽堿等。
近年來，科學(xué)家們?cè)诒?、火山、深海等極端環(huán)境中陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了新的生命形式，一些獨(dú)具基因類型的極端微生物在這些“生命禁區(qū)”中繁衍生息。由于特殊的生存環(huán)境造就細(xì)胞的復(fù)雜性及其功能的差異性，其科研的價(jià)值和代謝產(chǎn)物作為產(chǎn)品的應(yīng)用前景不可估量，比如低溫酶在食品、藥品保存、運(yùn)輸中的應(yīng)用。
微基生物采用分子生物學(xué)結(jié)合高通量測(cè)序的方法，可以得到樣品中絕大部分微生物的信息，并通過生信/統(tǒng)計(jì)分析，對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析，找到樣品中微生物群落結(jié)構(gòu)的多樣性，助您完成科研。
- 數(shù)據(jù)庫：Silva，GreenGene，RDP
收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息數(shù)據(jù)庫。
- 高通量測(cè)序
目前市面上常用的用于研究環(huán)境微生物的高通量測(cè)序平臺(tái)有Illumina MiSeq，Roche 454和Ion Torrent PGM。Illumina MiSeq平臺(tái)憑借其測(cè)序讀長長、測(cè)序周期短、通量大等特點(diǎn)，成為使用最為普遍的測(cè)序平臺(tái)。
高通量分析流程：
- 樣品采集及運(yùn)送：
新鮮樣品：2-3 g
DNA樣品：濃度大于 10 ng/uL，總量大于500ng 的基因組 DNA。DNA 純度較差或降解嚴(yán)重會(huì)影響后繼的擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。如果方便的話，可提供電子版DNA電泳檢測(cè)照片及 OD260/280
樣品運(yùn)送：送樣時(shí)采用干冰保存運(yùn)輸；若是距離較遠(yuǎn)，建議采用干冰加冰袋的方式，與樣品一起存放于冰盒中。
生信/統(tǒng)計(jì)分析
案例分析：
標(biāo)題：北冰洋中心區(qū)新開水域微微型浮游植物優(yōu)勢(shì)地位分析
分析物種：微微型浮游植物
高通量測(cè)序平臺(tái)：Roche 454
測(cè)序區(qū)域：18S V4區(qū)
主要實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
微微型浮游植物為該海域的優(yōu)勢(shì)群落，可占葉綠素生物量的44%-80%。青綠藻、硅藻、藍(lán)細(xì)菌、金藻及甲藻為鑒定出的主要光合浮游生物綱，分別占到微微型浮游植物的0–88%, 2–80%, 0–20%, 4–14% 及2–11%。其中真核生物的優(yōu)勢(shì)屬（種）為塔胞藻Pyramimonas (Pyramimonas gelidicola), 微胞藻Micromonas (Micromonas pusilla) 及棕囊藻Phaeocystis。值得注意的是，高通量測(cè)序分析的結(jié)果表明，塔胞藻要比泛北冰洋優(yōu)勢(shì)種微胞藻的相對(duì)豐度高3倍；而Pyramimonas gelidicola也為第一優(yōu)勢(shì)種，要比一直認(rèn)為的北冰洋夏季第一優(yōu)勢(shì)種Micromonas pusilla高1.5倍。典型相關(guān)性分析（CCA）結(jié)果表明：緯度和鹽度是影響微微型浮游植物群落組成及分布的主要因素。
圖1 微微型浮游植物的群落組成及環(huán)境因子分布的CCA展示圖
圖2 微微型浮游植物的群落組成（基于HPLC 色素分析及CHEMTAX方法）
原文鏈接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00300-015-1662-7
參考文獻(xiàn)：
(Zhang, He et al. 2015)Zhang, F., J. He, L. Lin and H. Jin (2015). “Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean.” Polar Biology 38(7): 1081-1089.
