根系微生物

　　微基生物提供根系微生物多樣性分析的整體科研服務(wù)：實(shí)驗(yàn)規(guī)劃->樣本采集保存->分子實(shí)驗(yàn)->生信統(tǒng)計(jì)分析->論文協(xié)助

　　微基生物采用高通量測序、PCR-DGGE、實(shí)時(shí)熒光定量PCR等方法，對樣本中的DNA進(jìn)行序列測定，并通過生信統(tǒng)計(jì)分析，對大量數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，揭示腸道中微生物的種類以及它們之間的相對豐度和進(jìn)化關(guān)系，探討微生物多樣性，研究根系微生物與環(huán)境間的相關(guān)關(guān)系。

技術(shù)路線：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

檢測平臺(tái)：

　　微基生物擁有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量測序分析，PacBio第三代高通量測序分析，PCR-DGGE變性梯度凝膠分析，實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文庫等檢測平臺(tái)。

樣品采集：

　　微基生物為客戶提供樣品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取樣勺和保存管等。

送樣要求：

樣品原樣

　　(1)樣品類型：根系微生物，新鮮取樣，凍存于-80℃

　　(2)樣品需求：≥2g

　　(3)樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請使用冰袋或干冰運(yùn)輸

DNA類型

　　(1) 樣品類型： DNA

　　(2) 樣品需求量：≥300ng

　　(3) 樣品濃度： ≥10ng/μL

　　(4) 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解

　　(5) 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請使用冰袋或干冰運(yùn)輸

　　(6) 對于本種類型的樣品，我們在檢測完樣品的質(zhì)量后，進(jìn)行PCR擴(kuò)增等后續(xù)試驗(yàn)

生物信息與統(tǒng)計(jì)學(xué)服務(wù)：

　　生信分析項(xiàng)目

　　更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請?jiān)斣儯?em>400-660-9270

標(biāo)題：運(yùn)用PCR-DGGE和焦磷酸測序分析（Roche 454）對紅樹林濕地和根圍古菌的多樣性分析

研究領(lǐng)域：根系微生物

分析物種：古菌

研究區(qū)域：16S rRNA V4 and V5 regions

研究方法：PCR-DGGE和Roche 454

主要結(jié)果：

1. 實(shí)驗(yàn)DGGE結(jié)果

　　2.兩個(gè)PCO軸和展示了所有數(shù)據(jù)集58%的變種，（根圍上、中、下古菌菌群的展示）

　　3.采用重測樣對16S rRNA的樣本寬度和樣本測序豐富度曲線

4.運(yùn)用RDP的分類器算法統(tǒng)計(jì)出古菌16S rRNA在三個(gè)不同地方的差異

5.根際微生物中不同地方占主導(dǎo)地位OUT的相關(guān)關(guān)系

6.被檢索到的古菌序列的具體分類

原文鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22660713

參考文獻(xiàn)：

Pires, A. C., D. F. Cleary, A. Almeida, A. Cunha, S. Dealtry, L. C. Mendonca-Hagler, K. Smalla and N. C. Gomes (2012). “Denaturing gradient gel electrophoresis and barcoded pyrosequencing reveal unprecedented archaeal diversity in mangrove sediment and rhizosphere samples.” Appl Environ Microbiol 78(16): 5520-5528.