皮膚微生態(tài)多樣性

　　從公元前400年，希波克拉底第一次描述念珠菌感染起，研究者們一直在探尋與人類共生的真菌和細(xì)菌對(duì)人體健康及疾病的影響。皮膚作為人體最大的器官擁有達(dá)1.8m^２的表面積，其主要功能是作為物理屏障，保護(hù)機(jī)體免受外來(lái)生物或有毒物質(zhì)的侵害。同時(shí)，皮膚也是人體與外界環(huán)境接觸的部位，因此常駐有各類微生物，包括細(xì)菌、真菌、病毒等。如果將皮膚看作一個(gè)生態(tài)系統(tǒng)，那么它就是由各類微生物和皮膚表面的組織、細(xì)胞及各種分泌物微環(huán)境等共同組成的整體，維持微生物群落與皮膚表面組織之間的平衡。這種平衡一旦被打破，就可能會(huì)引起皮膚病或感染。

　　早期的皮膚微生物研究主要采用傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)方法，來(lái)識(shí)別和描述微生物群落的組成和多樣性。傳統(tǒng)方法的局限性使研究者難以正確全面地闡明皮膚微生物的群落結(jié)構(gòu)和多樣性特點(diǎn)。高通量測(cè)序從根本上改變了人們對(duì)微生物群落的認(rèn)識(shí)，使人們得以系統(tǒng)地分析和認(rèn)識(shí)皮膚微生物的群落及其功能。

　　基于16S rRNA/18S rRNA/ITS基因，優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方法，增加對(duì)痕量微生物的研究，利用二代測(cè)序技術(shù)（Roche 454、IlliminaMiSeq、Ion Torrent PGM）來(lái)分析皮膚微生物的多樣性，為進(jìn)一步理解皮膚的健康、疾病和感染等，全面了解皮膚微生物群落的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)及其與皮膚組織和環(huán)境的相互關(guān)系

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

微基生物提供與人體健康相關(guān)的生信/統(tǒng)計(jì)服務(wù)：

更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請(qǐng)?jiān)斣儯?em>400-660-9270

• 樣品采集及運(yùn)送：

　　新鮮樣品：根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)收集樣品

　　DNA樣品：濃度大于10 ng/uL，總量大于500 ng的基因組DNA，DNA純度較差或降解會(huì)影響后繼的擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。如果方便的話，可提供電子版DNA電泳檢測(cè)照片及 OD260/280的比值。

　　樣品運(yùn)送：送樣時(shí)采用干冰保存運(yùn)輸；若是距離較遠(yuǎn)，建議采用干冰加冰袋，存放于冰盒中。

• 高通量測(cè)序流程：

• 生信/統(tǒng)計(jì)分析

 

案例分析

標(biāo)題：人體皮膚微生物的多樣性概況

研究領(lǐng)域：皮膚微生物

分析物種：細(xì)菌

取樣方法：取皮膚表皮及皮下組織

　　高通量測(cè)序平臺(tái)：Illumina MiSeq 2×150

　　測(cè)序區(qū)域：16S rRNA gene V4區(qū)

主要結(jié)果：
　　（1）無(wú)皮膚病史的五個(gè)樣本左、右手的113個(gè)OUT的系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)構(gòu)豐度

　　（2）OUT單板描述

　?。?）.該圖展示了樣品根據(jù)它們?chǔ)ㄖ笖?shù)用UPGMA得到的發(fā)育樹

　　（4）.相對(duì)豐度比較

原文鏈接：http://genome.cshlp.org/content/18/7/1043.short

參考文獻(xiàn)：
Grice, E. A., H. H. Kong, G. Renaud, A. C. Young, G. G. Bouffard, R. W. Blakesley, T. G. Wolfsberg, M. L. Turner and J. A. Segre (2008). “A diversity profile of the human skin microbiota.” Genome Research 18(7): 1043-1050.