生信分析

微生物種屬鑒定及相關(guān)分析，群落結(jié)構(gòu)組成柱狀圖，多樣品相似度樹與柱狀圖組合分析

OTU的定義是在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究或群體遺傳學(xué)研究中，為了便于進(jìn)行分析，人為給某一個分類單元（品系，種，屬，分組等）設(shè)置的同一標(biāo)志。在生物信息分析中，一般來說，測序得到的每一條序列來自一個菌。

多樣性指數(shù)統(tǒng)計是群落生態(tài)學(xué)中研究微生物多樣性，通過單樣品的多樣性分析（Alpha 多樣性）可以反映微生物群落的豐度和多樣性，包括一系列統(tǒng)計學(xué)分析指數(shù)估計環(huán)境群落的物種豐度和多樣性。

Shannon-Wiener曲線定義是反映樣品中微生物多樣性的指數(shù)，利用各樣品的測序量在不同測序深度時的微生物多樣性指數(shù)構(gòu)建曲線，以此反映各樣本在不同測序數(shù)量時的微生物多樣性。Shannon-Wiener曲線解讀當(dāng)曲線趨向平坦時，說明測序數(shù)據(jù)量足夠大，可以反映樣品中絕大多數(shù)的微生物信息。

Rank-abundance曲線是分析多樣性的一種方式。構(gòu)建方法是統(tǒng)計單一樣品中，每一個OTU 所含的序列數(shù)，將OTUs 按豐度（所含有的序列條數(shù)）由大到小等級排序，再以O(shè)TU 等級為橫坐標(biāo)，以每個OTU 中所含的序列數(shù)（也可用OTU 中序列數(shù)的相對百分含量）為縱坐標(biāo)做圖。

venn 圖可用于統(tǒng)計多個樣品中所共有和獨有的OTU 數(shù)目，可以比較直觀的表現(xiàn)環(huán)境樣品的OTU 數(shù)目組成相似性及重疊情況。通常情況下，分析時選用相似水平為97%的OTU 樣品表。