實(shí)測！糞便微生物DNA常溫保存液是一種高效便捷的樣本保存方式

腸道菌群與人類及動(dòng)物健康的關(guān)系密切，通過檢測腸道菌群可以獲得有關(guān)健康的信息。新鮮糞便不易獲得，很難做到快速低溫冷凍，在進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和大規(guī)模樣本采樣時(shí)，可用于常溫條件下采集和保存樣本的保存液可以彌補(bǔ)采集樣本數(shù)量多、地域分布廣、現(xiàn)場采樣條件多樣、工作量大、運(yùn)輸條件差等條件不足。

微基生物子公司研發(fā)的格微®糞便微生物DNA常溫保存液有效的保證糞便樣品中微生物的DNA在常溫環(huán)境下不被降解,糞便樣本中微生物的數(shù)量,組成和豐度保持穩(wěn)定,保證腸道菌群測序后數(shù)據(jù)分析的準(zhǔn)確性。

 

  

格微®糞便微生物DNA保存液應(yīng)用實(shí)例 

 

采取兩個(gè)志愿者的新鮮糞便（取后排出的中間部分，避免糞便表面的黏膜，更能很好的體現(xiàn)腸道微生物類群），分別分裝為12管，其中3管立即凍存于-20℃，作為平行實(shí)驗(yàn)及正對照，其余9管置于37℃水浴鍋中，恒溫保存3天，7天，14天。取樣后立即凍存于-20℃，用于后續(xù)基因組抽提。

采取QIAamp DNA Stool Mini Kit進(jìn)行基因組抽提，電泳檢測進(jìn)行質(zhì)控，結(jié)果如下圖所示，濃度為10-20ng/uL。

以抽提基因組DNA為模板，進(jìn)行16S V4-V5區(qū)擴(kuò)增，并通過PCR擴(kuò)增的方法添加測序所需接頭，PCR結(jié)果如下圖所示：

將PCR產(chǎn)物回收定量等摩爾比混勻，質(zhì)控合格的文庫進(jìn)行illumina Miseq測序。

拿到測序的結(jié)果，序列拼接和質(zhì)控后，進(jìn)行生物信息學(xué)和統(tǒng)計(jì)分析：

 

通過聚類OUT的α多樣性分析

相同樣本在保存液中保存14天結(jié)果與新鮮凍存的樣本無顯著差異（P>0.05）。

 

Alpha多樣性（Alpha diversity）是對單個(gè)樣品中物種多樣性的分析，其中shannon index和Simpson index是對物種richness進(jìn)行分析，ace和chao是對物種diversity進(jìn)行分析。

 

基于系統(tǒng)發(fā)育的β多樣性分析

通過PCoA分析，發(fā)現(xiàn)weighted UniFrac和unweighted UniFrac的結(jié)果顯示，不同處理時(shí)間樣本之間的相似性很高，圖中每個(gè)樣本的不同處理分別聚在一起。新鮮凍存與37℃處理14天從系統(tǒng)發(fā)育角度看無顯著差異。

 

       

Beta多樣性（Beta diversity）分析是用來比較樣品之間在物種多樣性方面存在的差異大小。UniFrac是通過利用系統(tǒng)進(jìn)化的信息來比較樣品間的物種群落差異。UniFrac結(jié)果分為加權(quán)UniFrac（weighted UniFrac）與非加權(quán)UniFirac（unweighted UniFrac）2種，其中weighted UniFrac考慮了序列的豐度，unweighted UniFrac不考慮序列豐度。

對物種分類信息進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析

              

在門、綱、目、科、屬各水平的細(xì)菌相對豐度構(gòu)成圖中，每個(gè)柱子為一個(gè)處理三個(gè)重復(fù)的均值，不同顏色代表不同的物種，物種信息可見圖例，若某一種細(xì)菌占的比例多，則其在柱子中所占的比例就會(huì)更大。

 

基于細(xì)菌豐富度、多樣性、系統(tǒng)發(fā)育、菌群關(guān)系以及菌屬構(gòu)成，表明微基生物自主研發(fā)的糞便微生物DNA保存液可實(shí)現(xiàn)對DNA完整性的有效保存。

 

產(chǎn)品優(yōu)勢

1 可在常溫下采集、保存糞便樣品，保護(hù)樣本中微生物DNA不被降解；

2 使用簡單，可把糞便樣品直接浸入微生物常溫保存液中，保護(hù)樣品中微生物；

3 從保存液中提得的微生物DNA后繼可用于酶切和PCR等多種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)；

4 保存管、采集勺均為無菌產(chǎn)品，最大程度減少了耗材中微生物及微生物殘留DNA對樣

品的污染；

5 用途廣泛，可廣泛用于醫(yī)院、家庭、高校、科研院所等常溫條件下糞便樣品的采集保存。

 

 

應(yīng)用案例

以下科研文章均使用了微基生物子公司研發(fā)的糞便微生物DNA常溫保存液。使用保存液大大方便了樣本的收集與保存，確保了研究中微生物DNA的穩(wěn)定性和研究結(jié)果的準(zhǔn)確性。這些文章涵蓋了從兒童早發(fā)育、慢性自發(fā)性蕁麻疹到焦慮樣障礙等多個(gè)領(lǐng)域的研究。糞便微生物DNA常溫保存液為微生物組研究提供了強(qiáng)有力的樣本保護(hù)方案。

產(chǎn)品詳情

貨號	產(chǎn)品名稱	應(yīng)用范圍	規(guī)格	單位
GWF01	集翔盒（糞便采集盒）	人糞便樣本采集	18cm*25cm	個(gè)
GWF01-A	集翔盒（糞便采集盒） 糞便保存液	人糞便樣本采集 及糞菌DNA常溫保存	18cm*25cm，3mL	套

Fecal samples were collected within three minutes after defecation using sterile stool preservation tubes that contain stool preservation fluid and have a sterile spoon attached to the lid (GeWei Bio-Tech(shanghai) Co. Ltd.,China, Product No.GWFO1-A). 

 

1 Zhu, L., et al. (2024). Gut microbiota facilitate chronic spontaneous urticaria. Nature Communications, 15, 112.  

 

2  Weng, H., et al. (2024). Humid heat environment causes anxiety-like disorder via impairing gut microbiota and bile acid metabolism in mice. Nature Communications, 15, 5697.

 

3  Wu et al. (2024). Investigation of Human Milk as a Biological System in a Multicenter Mother–Infant Cohort: Protocol Design and Cohort Profile of the Phoenix Study. Nutrients, 16(17), 2892.  

揭秘腸道微生物奧秘：糞便微生物DNA常溫保存液，讓研究更精準(zhǔn)、更便捷！