宏病毒組

簡介：

宏病毒組（Virome）是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上，結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支。 宏病毒組直接以樣本中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對象，能夠快速準(zhǔn)確的鑒定樣本中所有的病毒組成，不僅在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用，在病毒的起源和進(jìn)化模式、遺傳多樣性和地理分布等研究方面也具有重要意義。宏病毒組學(xué)應(yīng)用廣泛，可應(yīng)用于人或動(dòng)物腸道或者血液樣本、水樣、土壤樣本等的研究。

樣品采集

微基生物為客戶提供樣品采集的配套工具，如采集盒、取樣勺和保存管等。

送樣要求

樣本量：

糞便：≥1g；

腸道內(nèi)容物≥1g

組織樣本≥2g

血液樣本≥5mL（血液樣本建議送血清）

土壤，沉積物等≥5g

清澈水體或海水：20L以上超濾濃縮或者FeCl₃沉淀后送樣；

 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請使用干冰運(yùn)輸。

 

DNA/RNA等核酸樣本

(1) 樣品需求量：≥1μg；

(2) 樣本濃度：≥50ng/μL；

(3) 樣品純度：OD260/280在1.8-2.0之間，確保DNA完整無降解；

(4) 對于本類型樣品，在檢測完樣品的質(zhì)量合格后，方可進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

技術(shù)路線

 數(shù)據(jù)分析路線

測序平臺

Illumina檢測平臺；PE150測序策略

部分結(jié)果示例

不同糞便樣本病毒物種組成分析

eggNOG功能注釋

不同糞便樣本病毒多樣性分析

PCA分析

以上結(jié)果示例節(jié)選自參考文獻(xiàn)

Intestinal Virome in Patients With Alcoholic Hepatitis

原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8159727/

Multi-omics analyses show disease, diet, and transcriptome interactions with the virome

原文鏈接：https://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(21)03234-0/fulltext