擴(kuò)增子全長測(cè)序

在土壤、水體、糞便等樣本中，里面的微生物有很多種類，其中細(xì)菌和真菌是最為常見的微生物。

在細(xì)菌的多樣性研究，比較多的關(guān)注的是編碼細(xì)菌核糖體16srRNA的序列，由9個(gè)可變區(qū)和保守區(qū)組成。真菌基因也是由ITS1和ITS2高變區(qū)以及多個(gè)保守區(qū)組成的。檢測(cè)不同的基因片段得到的微生物群落結(jié)構(gòu)是不一樣的。

細(xì)菌16S rRNA基因序列組成及引物選擇

受限于二代高通量測(cè)序平臺(tái)的讀長要求，以前測(cè)細(xì)菌或真菌時(shí)，僅僅測(cè)單V區(qū)或雙V區(qū)600bp以內(nèi)的片段序列。而16S rDNA全長約為1500bp。大多數(shù)區(qū)域是無法檢測(cè)的。

伴隨著三代測(cè)序平臺(tái)的發(fā)展，Pabio平臺(tái)3-5kb的平均讀長可以覆蓋16S rDNA和ITS的可變區(qū)和保守區(qū)。因此16S rDNA和ITS全長測(cè)序成為微生物多樣性研究的新熱點(diǎn)。有文獻(xiàn)表明，與利用二代高通量測(cè)序檢測(cè)微生物多樣性相比，全長測(cè)序服務(wù)具有以下幾個(gè)特定：

1 由于二代高通量測(cè)序需要PCR擴(kuò)增，這會(huì)造成某些特定微生物類群出現(xiàn)檢測(cè)偏差，而三代測(cè)序中不需要PCR擴(kuò)增，因此在很大程度上降低了結(jié)果的偏差。

2 在同一分類水平下，三代測(cè)序可以實(shí)現(xiàn)更多的物種分類。

3 由于是檢測(cè)全長，而不是單獨(dú)或其中2個(gè)V區(qū)，因此三代測(cè)序?qū)τ谖锓N的識(shí)別和定量是最接近于樣本原貌的。 

微基生物目前推出全長測(cè)序服務(wù)，可以檢測(cè)土壤、糞便等多種樣本的微生物多樣性。

可檢測(cè)樣本：

土壤、淤泥、水體、糞便、組織、發(fā)酵物等

檢測(cè)基因：

16S細(xì)菌全長測(cè)序服務(wù)

ITS真菌全長測(cè)序服務(wù)

 

檢測(cè)平臺(tái)：

Pacbio

 

分析結(jié)果展示：