食品微生物

　　隨著人們生活水平的不斷提高，食品安全問題越來越受到人們的重視，微生物對食品的污染問題也相應(yīng)地備受關(guān)注。微生物包括細(xì)菌、真菌等，有些微生物還是致病菌，對人體的危害很大，因此食品中微生物的檢測非常重要。

　　包括生產(chǎn)型食品微生物（醋酸桿菌，酵母菌等）和是食物變質(zhì)（霉菌，細(xì)菌等）和食源性病原微生物（大腸桿菌，肉毒桿菌等）。食品微生物與人類關(guān)系緊密，對食品微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的進(jìn)展了。

　　在全基因組測序技術(shù)方面，該技術(shù)可以對菌株進(jìn)行最為有效的分型，即使是16S測序差異不大的菌株，也可以通過分布在整個基因組上的單核苷酸多態(tài)性位點(SNP)進(jìn)行區(qū)分，是目前分型能力最為強大的技術(shù)之一。全基因組測序用于微生物鑒定工作的主要障礙在于使用成本高和專業(yè)的數(shù)據(jù)分析。微基生物充分整合資源，運用先進(jìn)的技術(shù)和良好的服務(wù)為科研工作者助力！

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

微基生物提供與人體健康相關(guān)的生信/統(tǒng)計服務(wù)：

更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請詳詢：400-660-9270

食品微生物高通量測序流程：

• 樣品采集及運送

　　新鮮樣品：食物3-5 g

　　DNA樣品：濃度大于 10ng/μL，總量大于 500ng 的基因組 DNA，DNA 純度較差或降解嚴(yán)重會影響后繼的擴增實驗。如果方便的話，可提供電子版DNA電泳檢測照片及 OD260/280=1.8-2.0比值

　　樣品運送：送樣時采用干冰保存運輸；若是距離較遠(yuǎn)，建議采用干冰加冰袋，存放于冰盒中運送

• 生信/統(tǒng)計分析

 

案例分析：

標(biāo)題：韓國傳統(tǒng)方法腌制的泡菜的宏基因組分析

高通量測序平臺：Roche 454

測序區(qū)域：16S rRNA

主要實驗結(jié)果：

　　1.30天中，不同PH值對應(yīng)不同的16S rRNA基因拷貝數(shù)

　　2.30天中泡菜上清液中游離的糖的含量

　　3.有種群菌屬圖可以看出其韓國泡菜中主要的三種菌屬Leuconostoc,Lactobacillus和 Weissella

　　4.以功能類別區(qū)分這些宏基因組序列

　　5.宏基因組測序結(jié)果

　　6.在泡菜發(fā)酵過程中，假定的噬菌體群在整個沒配合的reads數(shù)的相對豐度

原文鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21317261
參考文獻(xiàn)：
Jung, J. Y., S. H. Lee, J. M. Kim, M. S. Park, J. W. Bae, Y. Hahn, E. L. Madsen and C. O. Jeon (2011). “Metagenomic analysis of kimchi, a traditional Korean fermented food.” Appl Environ Microbiol 77(7): 2264-2274.