微基生物 您自己的微生態(tài)研究團(tuán)隊(duì)|專注微生態(tài)研究與應(yīng)用
微生物種屬鑒定及相關(guān)分析，群落結(jié)構(gòu)組成柱狀圖，多樣品相似度樹與柱狀圖組合分析
查看更多 ?微生物種屬鑒定及相關(guān)分析
常規(guī)分析
OTU群落聚類及相關(guān)分析
OTU的定義是在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究或群體遺傳學(xué)研究中，為了便于進(jìn)行分析，人為給某一個(gè)分類單元（品系，種，屬，分組等）設(shè)置的同一標(biāo)志。在生物信息分析中，一般來說，測(cè)序得到的每一條序列來自一個(gè)菌。
查看更多 ?多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)
多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)是群落生態(tài)學(xué)中研究微生物多樣性，通過單樣品的多樣性分析（Alpha 多樣性）可以反映微生物群落的豐度和多樣性，包括一系列統(tǒng)計(jì)學(xué)分析指數(shù)估計(jì)環(huán)境群落的物種豐度和多樣性。
查看更多 ?香農(nóng)指數(shù)曲線
Shannon-Wiener曲線定義是反映樣品中微生物多樣性的指數(shù)，利用各樣品的測(cè)序量在不同測(cè)序深度時(shí)的微生物多樣性指數(shù)構(gòu)建曲線，以此反映各樣本在不同測(cè)序數(shù)量時(shí)的微生物多樣性。Shannon-Wiener曲線解讀當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說明測(cè)序數(shù)據(jù)量足夠大，可以反映樣品中絕大多數(shù)的微生物信息。
查看更多 ?稀釋性曲線 rarefaction curve
稀釋性曲線是從樣本中隨機(jī)抽取一定數(shù)量的個(gè)體，統(tǒng)計(jì)這些個(gè)體所代表的物種數(shù)目，并以個(gè)體數(shù)與物種數(shù)來構(gòu)建曲線。它可以用來比較測(cè)序數(shù)據(jù)量不同的樣本中物種的豐富度，也可以用來說明樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)量是否合理。
查看更多 ?Rank Abundance 曲線
Rank-abundance曲線是分析多樣性的一種方式。構(gòu)建方法是統(tǒng)計(jì)單一樣品中，每一個(gè)OTU 所含的序列數(shù)，將OTUs 按豐度（所含有的序列條數(shù)）由大到小等級(jí)排序，再以O(shè)TU 等級(jí)為橫坐標(biāo)，以每個(gè)OTU 中所含的序列數(shù)（也可用OTU 中序列數(shù)的相對(duì)百分含量）為縱坐標(biāo)做圖。
查看更多 ?韋恩圖（Venn）
venn 圖可用于統(tǒng)計(jì)多個(gè)樣品中所共有和獨(dú)有的OTU 數(shù)目，可以比較直觀的表現(xiàn)環(huán)境樣品的OTU 數(shù)目組成相似性及重疊情況。通常情況下，分析時(shí)選用相似水平為97%的OTU 樣品表。
查看更多 ?
