• <cite id="u60o2"><nav id="u60o2"></nav></cite>
    
    
  • <samp id="u60o2"><pre id="u60o2"></pre></samp>
  • <tr id="u60o2"></tr>
    <th id="u60o2"></th>
    <td id="u60o2"></td><kbd id="u60o2"><acronym id="u60o2"></acronym></kbd>
      首頁 > 生信分析 > 常規(guī)分析 > Rank Abundance 曲線

      Rank Abundance 曲線

        Rank-abundance曲線是分析多樣性的一種方式。構(gòu)建方法是統(tǒng)計單一樣品中,每一個OTU 所含的序列數(shù),將OTUs 按豐度(所含有的序列條數(shù))由大到小等級排序,再以O(shè)TU 等級為橫坐標(biāo),以每個OTU 中所含的序列數(shù)(也可用OTU 中序列數(shù)的相對百分含量)為縱坐標(biāo)做圖。
        Rank-abundance 曲線可用來解釋多樣性的兩個方面,即物種豐度和物種均勻度。在水平方向,物種的豐度由曲線的寬度來反映,物種的豐度越高,曲線在橫軸上的范圍越大;曲線的形狀(平滑程度)反映了樣品中物種的均度,曲線越平緩,物種分布越均勻。
        軟件:使用97%相似度的OTU,利用R語言工具制作曲線圖。
      參考文獻:
        Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.
      例圖:
      Rank-Abundance
        注:橫坐標(biāo):OTU 等級,“500”代表樣本中按照豐度排列第500 位的OTU;縱坐標(biāo):該等級OTU 中序列數(shù)的相對百分含量,即屬于該OTU 的序列數(shù)除以總序列數(shù),縱坐標(biāo)軸上數(shù)字,例如“100”代表相對豐度為100%,“10”代表相對豐度為10%,依次類推。

    • <cite id="u60o2"><nav id="u60o2"></nav></cite>
      
      
    • <samp id="u60o2"><pre id="u60o2"></pre></samp>
    • <tr id="u60o2"></tr>
      <th id="u60o2"></th>
      <td id="u60o2"></td><kbd id="u60o2"><acronym id="u60o2"></acronym></kbd>