稀釋性曲線 rarefaction curve

　　稀釋性曲線是從樣本中隨機抽取一定數(shù)量的個體，統(tǒng)計這些個體所代表的物種數(shù)目，并以個體數(shù)與物種數(shù)來構(gòu)建曲線。它可以用來比較測序數(shù)據(jù)量不同的樣本中物種的豐富度，也可以用來說明樣本的測序數(shù)據(jù)量是否合理。采用對序列進行隨機抽樣的方法，以抽到的序列數(shù)與它們所能代表OTU 的數(shù)目構(gòu)建rarefaction curve，當(dāng)曲線趨向平坦時，說明測序數(shù)據(jù)量合理，更多的數(shù)據(jù)量只會產(chǎn)生少量新的OTU，反之則表明繼續(xù)測序還可能產(chǎn)生較多新的OTU。因此，通過作稀釋性曲線，可得出樣品的測序深度情況。

　　軟件：使用97%相似度的OTU，利用mothur 做rarefaction 分析，利用perl 語言工具制作曲線圖。

參考文獻：

　　Katherine R Amato. et al. Habitat degradation impacts black howler monkey (Alouatta pigra) gastrointestinal microbiomes. The ISME Journal (2013) 7, 1344–1353; doi:10.1038/ismej.

例圖：

　　注：橫坐標(biāo)：隨機抽取的測序數(shù)據(jù)量；縱坐標(biāo)：觀測到的OTU 數(shù)量。