口腔是人體微生物定植生存的重要生態(tài)區(qū)，口腔微生物不僅有細(xì)菌，還包括真菌、病毒、螺旋體及古細(xì)菌等?？谇粌?nèi)環(huán)境穩(wěn)態(tài)易受外界因素的干擾，口腔內(nèi)部有多位點(diǎn)、多層次的微生物定植生態(tài)區(qū)，口腔環(huán)境的異質(zhì)性較腸道更為明顯。正常情況下口腔微生物群落之間、微生物與宿主之間密切且復(fù)雜的相互作用維持著宿主健康，這種生態(tài)平衡被打破將會(huì)引發(fā)疾病。口腔主要疾病如齲病、牙周病及口腔癌等嚴(yán)重影響人類的生命健康。

　　基于16S rDNA/18S rDNA基因，優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方法，增加對(duì)痕量微生物的研究，利用高通量測(cè)序技術(shù)（Roche 454，Illimina MiSeq 2*300、Ion Torrent PGM）來分析口腔微生物的多樣性，得到對(duì)微生物多樣性、群落結(jié)構(gòu)、種系關(guān)系精確的解析，增加人們對(duì)口腔健康與疾病相關(guān)微生物的認(rèn)識(shí)。

呼吸道微生物

　　定殖于呼吸道部的微生物與人體始終處于動(dòng)態(tài)生態(tài)平衡，對(duì)于維持人體健康發(fā)揮著重要作用，也與多種上呼吸道疾病的發(fā)生發(fā)展有密切關(guān)系。呼吸道微生物之間及其與宿主之間的相互作用是引發(fā)人體上呼吸道疾病的重要因素。人體呼吸道的密度只有104?105細(xì)胞數(shù)/cm²。
基于16S rDNA/18S rDNA基因，優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方法，增加對(duì)痕量微生物的研究，利用高通量測(cè)序技術(shù)（Roche 454，Illimina MiSeq 2*300、Ion Torrent PGM）來分析呼吸道微生物的多樣性，得到對(duì)微生物多樣性、群落結(jié)構(gòu)、種系關(guān)系精確的解析，增加人們對(duì)呼吸道健康與疾病相關(guān)微生物的認(rèn)識(shí)。

微基生物進(jìn)行人體健康相關(guān)的研究與應(yīng)用：

微基生物提供與人體健康相關(guān)的生信/統(tǒng)計(jì)服務(wù)：

更多微生態(tài)方向研究和生物信息方面服務(wù)，請(qǐng)?jiān)斣儯?em>400-660-9270

口腔與呼吸道微生態(tài)高通量分析流程

樣品采集及運(yùn)送：

　　新鮮樣品：分泌物2-3 mL

　　DNA樣品：請(qǐng)?zhí)峁舛却笥?10ng/uL，總量大于 500ng 的基因組 DNA，DNA 純度較差或降解嚴(yán)重會(huì)影響后繼的擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。如果方便的話，可提供電子版DNA電泳檢測(cè)照片及 OD260/280=1.8-2.0比值

　　樣品運(yùn)送：送樣時(shí)采用干冰保存運(yùn)輸；若是距離較遠(yuǎn)，建議采用干冰加冰袋，存放于冰盒中。

• 生信/統(tǒng)計(jì)分析

案例分析

標(biāo)題：患有牙周炎的患者口腔中的致病菌都是以牙齦溝產(chǎn)線菌為中心的微生物群落

研究領(lǐng)域：口腔微生物

高通量測(cè)序平臺(tái)：Illumina MiSeq

測(cè)序區(qū)域：16S rRNA gene V3 region

　　牙周炎是一類多種微生物引起的廣泛的口腔疾病，但對(duì)于其中協(xié)同作用的病原菌仍然知之甚少。用16S rRNA焦磷酸測(cè)序法對(duì)牙周炎患者和健康志愿者的唾液，牙齦，牙菌斑進(jìn)行檢測(cè)，不同口腔環(huán)境孕育著不同的微生物群落和菌種組成。兩步冗余分析得出了21組OUT，包括Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia 和Filifactor alocis，作為可能引起牙周炎的病原菌；以及兩種診斷牙周炎的參數(shù)：牙周袋深度和牙周附著喪失。有趣的是21個(gè)OUT的相似性分析結(jié)果得出Filifactor alocis肯定與其他7種假定的致病菌形成了一個(gè)協(xié)作群體，顯著地在三位患者口腔中存在。這個(gè)發(fā)現(xiàn)展現(xiàn)了巨大的臨床診斷價(jià)值，尤其是在口腔中。因此，我們的研究假定了一個(gè)協(xié)同致病的包括八種致病菌的菌群遍布所有牙周炎患者口腔中，并借此提供一個(gè)研究牙周炎致病菌的框架，以求未來研發(fā)出新的診斷和治療方法。

主要結(jié)果

　　1.口腔微生物群的整體結(jié)構(gòu)比較

　　2.齦下菌斑更加豐富的專性厭氧型微生物包括Porphyromonas、 Treponema、Tannerella,、Fusobacterium 、Filifactor

　　3.健康與牙周炎患者的唾液和齦上菌斑微生物的不同與RDA分析

　　4.OTU0263和其余7個(gè)OTU表現(xiàn)出強(qiáng)相關(guān)

　　5.在唾液中，共生組ROC曲線以下面積表示被測(cè)試同種系的最高，箭頭意味著這個(gè)點(diǎn)對(duì)于診斷牙周炎的價(jià)值最大

原文鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25761675
參考文獻(xiàn)：
Chen, H., Y. Liu, M. Zhang, G. Wang, Z. Qi, L. Bridgewater, L. Zhao, Z. Tang and X. Pang (2015). “A Filifactor alocis-centered co-occurrence group associates with periodontitis across different oral habitats.” Sci Rep 5: 9053.

口腔與呼吸道，首發(fā)于微基生物。