生物信息分析之CCA分析_微基生物

　　SHOW一張！

　　知道這是神馬分析嗎？RDA分析？
　
　　NO?。?！其實(shí)這是一張CCA分析！

　　各位童鞋是不是已經(jīng)哭倒在地了？！ 　　這期小編跟大家聊一下RDA分析的“孿生兄弟”CCA分析。為什么它們兩個(gè)叫“孿生兄弟”呢？請(qǐng)聽(tīng)小編一一道來(lái)！

　　CCA分析又叫典范對(duì)應(yīng)分析， 它也有個(gè)帥氣的英文名叫Canonical Correspondence Analysis！

　　同RDA分析一樣，CCA分析是限制性排序，用于分析物種組成與環(huán)境因子之間的關(guān)系。

　　它們圖形的解釋是一樣的。如在圖1中，箭頭代表不同的環(huán)境因子，射線越長(zhǎng)表示該環(huán)境因子影響越大。環(huán)境因子之間的夾角表示環(huán)境因子時(shí)間的關(guān)系，當(dāng)為銳角時(shí)表示兩個(gè)環(huán)境因子之間呈正相關(guān)關(guān)系，鈍角時(shí)呈負(fù)相關(guān)關(guān)系。

　　它們可以用相同的軟件做出，如CANOCO、R語(yǔ)言的Vegan 軟件包。

　　但是它們之間又有不同，CCA則是基于單峰模型，RDA則是基于線性模型。見(jiàn)圖2

　　在分析時(shí)，什么時(shí)候用CCA分析，什么時(shí)候用RDA分析呢？

　　用CANOCO對(duì)數(shù)據(jù)分析時(shí)，先要對(duì)物種數(shù)據(jù)進(jìn)行DCA分析，根據(jù)DCA的分析結(jié)果來(lái)選擇用CCA分析或RDA分析。以圖3-CANOCO分析結(jié)果為例。

　　對(duì)于Lengths ofgradient，如果四個(gè)軸中，梯度最大的值大于4，選擇CCA分析比較合適；如果值在3.0-4.0之間，選RDA分析和CCA分析均可；如果小于3.0, RDA分析的結(jié)果要好于CCA分析。

　　是不是覺(jué)得很漲姿勢(shì)呢？

　　其實(shí)在微基生物的生物信息服務(wù)中，RDA、CCA、PCA、PCoA等等分析，我們通通都可以幫您搞定哈！