答：OTU（Operational Taxonomic Units）是在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究或群體遺傳學(xué)研究中，為了便于進(jìn)行分析，人為給某一個(gè)分類(lèi)單元（品系，種，屬，分組等）設(shè)置的同一標(biāo)志。
PCA即主成分分析。將多個(gè)變量通過(guò)線性變換以選出較少個(gè)數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計(jì)分析方法。
RDA即冗余分析，對(duì)比主成分分析可以發(fā)現(xiàn)，其實(shí)冗余分析就是約束化的主成分分析。

2、什么是Reads、Run、Barcode？
答：Reads: 高通量測(cè)序平臺(tái)產(chǎn)生的序列標(biāo)簽就稱(chēng)為reads。
Run：指高通量測(cè)序平臺(tái)單次上機(jī)測(cè)序反應(yīng)。
Barcode：與Index同義，多指在Roche GS FLX 454測(cè)序平臺(tái)的16S PCR產(chǎn)物的測(cè)序過(guò)程中接頭序列所包含的的用來(lái)區(qū)分不同樣本的序列。

3、什么是高通量測(cè)序（NGS）？
答：高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測(cè)序革命性的改變, 一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸分子進(jìn)行序列測(cè)定, 因此在有些文獻(xiàn)中稱(chēng)其為下一代測(cè)序技術(shù)(next generation sequencing，NGS )足見(jiàn)其劃時(shí)代的改變, 同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能, 所以又被稱(chēng)為深度測(cè)序(Deep sequencing)。

4、高通量測(cè)序平臺(tái)和DGGE分析環(huán)境微生物多樣性，它們之間的區(qū)別？
答：一般認(rèn)為土壤、海洋、腸道等生態(tài)系統(tǒng)中的微生物數(shù)量繁多、種類(lèi)多樣。傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法只限于對(duì)環(huán)境樣品中極少部分（0.1%-1%）可培養(yǎng)的微生物類(lèi)群的研究。 DGGE技術(shù)操作復(fù)雜、成本高、痕量菌發(fā)現(xiàn)困難，在其實(shí)驗(yàn)結(jié)果中往往只含有數(shù)十條條帶，只能反映出樣品中的優(yōu)勢(shì)種群，也無(wú)法得到細(xì)菌種類(lèi)的絕對(duì)數(shù)量。而高通量測(cè)序技術(shù)能同時(shí)對(duì)樣品中的優(yōu)勢(shì)種群及微量的劣勢(shì)種群進(jìn)行檢測(cè)，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進(jìn)行數(shù)字化，而且每個(gè)樣品的測(cè)序量達(dá)到普通測(cè)序的幾百倍，而單條序列的測(cè)序費(fèi)用遠(yuǎn)低于普通測(cè)序。

5、Misq平臺(tái)和羅氏454平臺(tái)之間的區(qū)別在于？
答：羅氏454高通量測(cè)序技術(shù)能同時(shí)對(duì)樣品中的優(yōu)勢(shì)物種、稀有物種及一些未知的物種進(jìn)行檢測(cè)，獲得樣品中的微生物群落組成，并將其含量進(jìn)行數(shù)字化。測(cè)序費(fèi)用比較高，后期數(shù)據(jù)分析比較麻煩。MiSeq高通量測(cè)序平臺(tái)集中了Roche 454和Illumina HiSeq 2500的優(yōu)點(diǎn)，不僅可實(shí)現(xiàn)對(duì)多樣品的多個(gè)可變區(qū)同時(shí)測(cè)序，而且在測(cè)序速度和測(cè)序通量上都有進(jìn)一步提升，而且測(cè)序費(fèi)用相對(duì)于羅氏454便宜很多，后繼分析沒(méi)有那么麻煩。

6、做高通量平臺(tái)分析整個(gè)實(shí)驗(yàn)周期是多少天？
答：根據(jù)不同客戶的要求，實(shí)驗(yàn)周期也不盡相同。我們?cè)诮拥娇蛻籼峁┑臉悠泛?，即刻進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，至全部實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析結(jié)束，一般控制在40個(gè)工作日內(nèi)完成。

7、需要多少測(cè)序量？
答：由于不同環(huán)境樣品的物種成分、豐度都各不相同，所需的測(cè)序量也不一樣。我們會(huì)根據(jù)合作伙伴樣品的具體情況及研究目的，進(jìn)行測(cè)序深度數(shù)據(jù)庫(kù)檢索，給合作伙伴提供合理建議。

8、測(cè)序條數(shù)？
答：我們保證單個(gè)樣本測(cè)序條數(shù)高于1.8萬(wàn)條/樣本，樣本平均測(cè)序條數(shù)高于3萬(wàn)條/樣本。同時(shí)可以按照客戶需求增加測(cè)序條數(shù)。

9、實(shí)驗(yàn)結(jié)果含那些數(shù)據(jù)？
答：我公司提供以下數(shù)據(jù)分析：
a. 匯總統(tǒng)計(jì)全部的測(cè)序結(jié)果。
b. 將全部序列進(jìn)行比對(duì)，進(jìn)行聚類(lèi)/OTU劃分， 列出每個(gè)OTU的代表序列。
c. 種屬鑒定，與SILVA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，判斷每類(lèi)OTU詳細(xì)的分類(lèi)信息。
d. 熱圖分析
e. PCA分析
f. 根據(jù)測(cè)序序列與標(biāo)準(zhǔn)菌株序列，建立系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析。
h. VENN 圖
i. RDA 分析