metastats組間群落顯著性差異分析

　　顯著性差異分析[1]（Differentially Abundant Features）根據(jù)得到的群落豐度數(shù)據(jù)，運(yùn)用嚴(yán)格的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法可以檢測(cè)兩組微生物群落中表現(xiàn)出豐度差異的分類，進(jìn)行稀有頻率數(shù)據(jù)的多重假設(shè)檢驗(yàn)和假發(fā)現(xiàn)率（FDR）分析可以評(píng)估觀察到的差異的顯著性。分析可選擇門、綱、目、科及屬等不同分類學(xué)水平。

　　使用軟件：利用matastats [2](http://metastats.cbcb.umd.edu/)對(duì)不同分類學(xué)水平進(jìn)行的兩組樣本進(jìn)行顯著性差異分析，同時(shí)整理了高分類學(xué)水平中包含的低分類學(xué)水平的物種的顯著性差異情況。

參考文獻(xiàn)：

　　[1] Tingting Wang, Guoxiang Cai, et al. Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers. The ISME Journal advance online publication, 18 August 2011;doi:10.1038/ismej.2011.109.
　　[2] White, J.R., Nagarajan, N. & Pop, M. Statistical methods for detecting differentially abundant　features in clinical metagenomic samples. PLoS Comput Biol 5, e1000352 (2009).

例表：

注：mean：均值； variance：方差； standard：標(biāo)準(zhǔn)差；
　　p value (an individual measure of the false positive rate) 假陽(yáng)性概率值，是統(tǒng)計(jì)學(xué)中常用的判定值，一般來(lái)說(shuō)P value<0.05 時(shí)差異顯著；
　　q value (an individual measurement of the false discovery rate) 假發(fā)現(xiàn)率評(píng)估值，指本次計(jì)算可信度。

多水平整理表如下所示：

　　注：表中同時(shí)計(jì)算了門水平及其包含的屬水平在兩組樣本中的顯著性差異情況。