菌群多樣性指數(shù)

生物多樣性測(cè)定主要有三個(gè)空間尺度從小到大分為：α多樣性，β多樣性，γ多樣性。我們這里的指的是α多樣性，α多樣性主要關(guān)注局域均勻生境下的物種數(shù)目，因此也被稱為生境內(nèi)的多樣性（within-habitat diversity）。

本次分析選取評(píng)估指數(shù)包括：ace，chao，simpson，shannon，jackknife；用于評(píng)估的OTU相似水平：unique，97% (0.03)，95% (0.05)，90% (0.10)。

計(jì)算菌群豐度（Community richness）的指數(shù)有：

（1）Chao：是用chao1 算法估計(jì)群落中含OTU 數(shù)目的指數(shù)，chao1 在生態(tài)學(xué)中常用來(lái)估計(jì)物種總數(shù)，由Chao (1984) 最早提出。

（2）Ace：用來(lái)估計(jì)群落中含有OTU 數(shù)目的指數(shù)，由Chao 提出，是生態(tài)學(xué)中估計(jì)物種總數(shù)的常用指數(shù)之一，與Chao I 的算法不同。

計(jì)算菌群多樣性（Community diversity）的指數(shù)有：

（1）Simpson：用來(lái)估算樣品中微生物的多樣性指數(shù)之一，由Edward Hugh Simpson ( 1949) 提出，在生態(tài)學(xué)中常用來(lái)定量的描述一個(gè)區(qū)域的生物多樣性。Simpson 指數(shù)值越大，說(shuō)明群落多樣性越低。

（2）Shannon：用來(lái)估算樣品中微生物的多樣性指數(shù)之一。它與Simpson 多樣性指數(shù)均為常用的反映alpha 多樣性的指數(shù)。Shannon值越大，說(shuō)明群落多樣性越高。

測(cè)序深度指數(shù)有：

Coverage：是指各樣品文庫(kù)的覆蓋率，其數(shù)值越高，則樣本中序列沒有被測(cè)出的概率越低。該指數(shù)實(shí)際反映了本次測(cè)序結(jié)果是否代表樣本的真實(shí)情況。