用于微生物多樣性的統(tǒng)計方法

比較多個樣品中OTU組成的差異及各OTU中含有序列的豐度，計算這些樣品的相似性，并繪制相似性圖譜。

　　稀釋性曲線(rarefaction curve)：一般是從樣本中隨機抽取一定數(shù)量的個體，統(tǒng)計出這些個體所代表物種數(shù)目，并以個體數(shù)與物種數(shù)來構建曲線。它可以用來比較測序數(shù)量不同的樣本物種的豐富度，也可以用來說明樣本的取樣大小是否合理。分析 …

　　Heatmap(熱圖)可以用顏色變化來反映二維矩陣或表格中的數(shù)據(jù)信息，它可以直觀地將數(shù)據(jù)值的大小以定義的顏色深淺表示出來。常根據(jù)需要將數(shù)據(jù)進行聚類，將聚類后的數(shù)據(jù)表示在heatmap 圖上，通過顏色的梯度及相似程度來反映數(shù)據(jù)的相似性和差 …

生物多樣性測定主要有三個空間尺度從小到大分為：α多樣性，β多樣性，γ多樣性。我們這里的指的是α多樣性，α多樣性主要關注局域均勻生境下的物種數(shù)目，因此也被稱為生境內(nèi)的多樣性（within-habitat diversity）。 本次分析選取評 …

典范相關分析（canonical correlation analysis，CCoA） 典范相關分析是研究兩組變量之間相關程度的多元分析方法。典范相關分析把兩組變量的相關變?yōu)閮蓚€新變量之間的相關來進行研究，第一組變量中找出一個變量的線性組合 …

RDA分析(Redundancy analysis) RDA分析，即冗余分析，對比主成分分析可以發(fā)現(xiàn)，其實冗余分析就是約束化的主成分分析。PCA和RDA的目的都是尋找新的變量來代替原來變量，它們主要區(qū)別在于后者樣方在排序圖中的坐標是環(huán)境因子 …

偏最小二乘法判別分析(pls-da ,Partial least squares discrimination analysis) 偏最小二乘法判別分析原理： 偏最小二乘法判別分析是一種用于判別分析的多變量統(tǒng)計分析方法。判別分析是一種根據(jù)觀 …